Разное

Регулон перед протоколом эко: Кому- нибудь назначали Регулон перед протоколом? — 17 ответов на Babyblog

Содержание

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — «🔷️ Регулон УВЕЛИЧИЛ ГРУДЬ на размер, истончил эндометрий и СДЕЛАЛ ФРИГИДНОЙ. Результаты УЗИ на фото. Принимала перед протоколом ЭКО по ОМС»

Привет всем!

 

С данным контрацептивом я познакомилась в прошлом месяце, когда, придя на УЗИ к своему репродуктологу, надеялась, что мы наконец-то вступим в протокол ЭКО по ОМС, но мои надежды рассыпались…

 

УЗИ показало, что у меня всего один активный фолликул, а 2-3 не дозрели, поэтому вхождение в протокол ЭКО было отложено на следующий месяц.

 

Мне выдали этот листочек, на котором были указаны мои следующие действия. Мне предстояло месяц предохраняться оральными контрацептивами (в народе противозачаточными), чтобы мои 2-3 фолликула подросли.

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

В списке вариантов контрацептивов были еще два, но, так как в финансах я была ограничена, то решила сэкономить и купить самый бюджетный из них – РЕГУЛОН.

 

Цена в аптеке была 386р. (два других по 900р).

 

Упаковка приятного дизайна. Цвет «Тиффани» мне нравится.

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Бластер с таблетками выглядит так

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Внутри коробки также оказался такой бумажный конвертик, чтобы можно было носить таблетки с собой, и они были защищены. Это очень удобно

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Сзади бластера не понятно для чего написаны дни недели.

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Я несколько лет назад принимала контрацептивы Джесс, так вот там были специальные наклейки с днями недели, которые можно было приклеить, чтобы не забывать в какой день ты приняла таблетку.

 

Здесь же вообще не понятно, для чего здесь просто написаны дни недели.

 

Мне приходилось постоянно считать дни своего цикла, чтобы не пропустить прием таблетки, и заводить будильник.

 

Это очень неудобно

 

Внутри имеется большая инструкция. Описывать ее нет смысла, так как если вам препарат прописал врач, а не вы сама, то инструкция носит просто ознакомительный характер.

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Хочу отметить, что очень важно ПРИНИМАТЬ ПОДОБНЫЕ ПРЕПАРАТЫ ТОЛЬКО ПО НАЗНАЧЕНИЮ ВРАЧА!

 

Никакие советы подруг, знакомых и отзывы в интернете не могут дать вам правильную консультацию. Только ваш гинеколог может подобрать нужный контрацептив индивидуально для вас.

 

Относитесь к своему здоровью и организму, как к храму, а не как к помойке, в которую можно кидать все подряд.

 

Таблеточки белого цвета с гравировкой букв RG

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Принимала я таблетки по стандартной схеме – 1 таблетка в сутки в одно и то же время.

 

*************************************************************

 

Через день я почувствовала всю «прелесть» приема Регулона – у меня стала ЖУТКО БОЛЕТЬ И РАСТИ ГРУДЬ.

 

Подобное раньше со мной происходило в обычные месяцы в середине цикла.

 

Буквально 3-4 дня грудь набухала и была болезненной, но здесь моя грудь была такой на протяжении 20 дней!

 

Все время, которое я пила Регулон – грудь очень болела. Увеличилась она на один размер

 

Моя грудь размера 75б, а в этот месяц я не могла носить свои бюстгальтеры с косточками — было очень неприятно.

 

Носить приходилось только «бескаркасные» бюстгальтеры – на мягких чашках.

 

Мужу такой эффект понравился, но меня вогнал в АД на протяжении 3 недель.

 

************************************************************************

 

Второй «сюрприз», что меня ожидал – это полнейшее падение либидо.

 

К концу приема я чувствовала себя полностью ФРИГИДНОЙ и впала в какую-то депрессию.

 

На протяжении всего приема Регулона я не хотела мужа совсем. Весь интим у нас проходил в стиле «бревно».

 

Я себя старалась накрутить, что хочу интима, что я возбуждена, но этого настроя хватало на 5 минут, а потом снова просыпалось какое-то отвращение к сексу, и я ждала, когда же это быстрее закончится.

 

Меня это бесило жутко, но что делать – отменять препарат было не вариант, это же не простые витамины, отменив прием которых особо ничего не изменится.

 

Это гормональный препарат и его отмена не по графику может привести к плохим последствиям.

 

********************************************************************

 

Когда я выпила последнюю таблетку, то, по назначению врача, отправилась на контрольное УЗИ на 23 день цикла.

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Нормальным размером эндометрия моему дню цикла соответствуют размеры 10-21мм, но я была в шоке, когда узистка сказала, что моя величина эндометрия – 5 миллиметров!!!

 

Контрацептивы Gedeon Richter Регулон ( Regulon) — отзыв

 

Такие размеры соответствуют максимум пятому дню цикла.

 

Единственное, что меня порадовало, так это то, что мои 2-3 фолликула в правом яичнике выросли, и я отправлюсь на вступление в протокол ЭКО по ОМС.

 

*********************************************************************

 

Хочу подвести итоги и выделить плюсы и минусы моего приема контрацептивов Регулон:

 

Минусы:

— сильно увеличивается грудь и болит на протяжении всего приема данного препарата

— «убивает» либидо полностью

— истончает эндометрий до минимума (возможно, это особенность всех противозачаточных)

 

Плюсы:

— есть во всех аптеках

— низкая цена

— предохраняет от нежелательной беременности

 

По мне, данный контрацептив заслуживает только 3*, так как главную цель – предохранение от нежелательной беременности он выполняет и стоит достаточно бюджетно, но и минусы для меня также слишком значительны!

 

Другие мои отзывы:

-7,5 кг за 2 месяца БЕЗ ДИЕТ — мой опыт перехода на ПП

Бесплатная лапароскопия в городской больнице- моя подробная история об операции по женски

Шугаринг дома: ГЛУБОКОЕ БИКИНИ, ПОДМЫШКИ и НОГИ-делаю сама себе

Вагинальные шарики — нужны ВСЕМ ЖЕНЩИНАМ!

Духи с феромонами — действуют ли они?!

Массаж сухой щеткой от целлюлита — дешево и эффективно проводим массаж дома

Отращивание ресниц и бровей в домашних условиях — чудо-средство своими руками

Блонд до талии — секреты ухода за волосами

регулон перед эко ☑ Вопросы врачам — GoodDoc.ru

Валерия , 21 июня 2018

Здравствуйте, готовимся к программе ЭКО. Перед программой врач назначила с 1 по 11 день цикла — регулон. Затем ждать менструации и с нового цикла начинаем протокол ЭКО, т.к. программа по квоте и нам нужно успеть её начать как можно раньше. Очень волнует, почему регулон нужно пить не 21 день, как написано в инструкции, а всего 11 дней? Может ли это отрицательно повлиять на результат ЭКО ?

Отвечает Репродуктолог Василий, 25 июня 2018

Здравствуйте, Валерия! Контрацептивы перед процедурой ЭКО рекомендуют с различными целями: убрать функциональные кисты, хорошо отторгнуть эндометрий и т. д. С какой целью в Вашем случае, надо узнать у Вашего лечащего врача. В письме об этом не сказано. В любом случае Ваш врач должен понимать, сколько будет длиться прием препарата в Вашем случае. Раз его это никак не смутило, то беспокоиться не о чем. Всего доброго!

Врачи

Акушер, Гинеколог, Репродуктолог (ЭКО), УЗИ-специалист, Врач функциональной диагностики

Врач высшей категории, Кандидат медицинских наук, стаж 17 лет

2 000 ₽

ЗАПИСАТЬСЯ

Гинеколог, Репродуктолог (ЭКО)

стаж 19 лет

13 500 ₽

ЗАПИСАТЬСЯ

Акушер, Гинеколог, Репродуктолог (ЭКО)

стаж 28 лет

1 980 ₽

ЗАПИСАТЬСЯ

Репродуктолог (ЭКО)

Врач высшей категории, Кандидат медицинских наук, стаж 30 лет

4 200 ₽

ЗАПИСАТЬСЯ

регулон увеличение бюста

регулон увеличение бюста

регулон увеличение бюста








>>>ПЕРЕЙТИ НА ОФИЦИАЛЬНЫЙ САЙТ >>>

Что такое регулон увеличение бюста?

Альтернативным и доступным способом операционному увеличения груди является применение крема Апсайз. Средство Апсайз представляет собой кремообразную субстанцию, основой которой являются натуральные компоненты. Препарат не содержит в своем составе гормоны и химические реагенты. Его компоненты проникают в молочные железы и восстанавливают физиологические процессы в них. В результате грудь подтягивается и немного увеличивается в размерах. Среди основных свойств крема: изменение объема груди; повышение упругости; устранение растяжек; улучшение состояния кожи.

Эффект от применения регулон увеличение бюста

Крем Upsize — это уникальная альтернатива маммопластики груди. Он подойдет женщинам разного возраста, которые желают подтянуть свой бюст и немного увеличить его. Вам больше не придется носить корректирующее белье и покупать бюстгальтеры с пуш-ап эффектом.

Мнение специалиста

Альтернативным и доступным способом операционному увеличения груди является применение крема Апсайз. Средство Апсайз представляет собой кремообразную субстанцию, основой которой являются натуральные компоненты. Препарат не содержит в своем составе гормоны и химические реагенты. Его компоненты проникают в молочные железы и восстанавливают физиологические процессы в них. В результате грудь подтягивается и немного увеличивается в размерах. Среди основных свойств крема: изменение объема груди; повышение упругости; устранение растяжек; улучшение состояния кожи.

Как заказать

Для того чтобы оформить заказ регулон увеличение бюста необходимо оставить свои контактные данные на сайте. В течение 15 минут оператор свяжется с вами. Уточнит у вас все детали и мы отправим ваш заказ. Через 3-10 дней вы получите посылку и оплатите её при получении.



Отзывы покупателей:


Nika

После кормления грудью ребенка, грудь очень растянулась и обвисла. Я как молодая девушка, хочу чтоб моя грудь была шикарной. Увидела яркую рекламу крема Upsize,недолго думая заказала, решила что это же не операция, на крем решиться легче, да и что я теряю кроме совсем небольших денег на него. Попробовала, и вы знаете… заказала еще))) Потому что уже через две недели даже муж заметил, что грудь приподнялась и приобрела упругость.

Ия

Крем Upsize — хороший способ изменить внешний вид груди. Многие девушки хотят иметь бюст, размеры которого покорят любого мужчину. Чаще не остается другого варианта, как увеличение при помощи хирургического вмешательства. Не стоит спешить с этим, лучше попробовать сначала крем Upsize, результаты использования которого способны удивить.


Использовала этот крем после того, как похудела на 8 килограмм, грудь уменьшилась в первую очередь. Крем не вызывает раздражения, результат виден практически сразу, сейчас форма груди мне нравится. Где купить регулон увеличение бюста? Альтернативным и доступным способом операционному увеличения груди является применение крема Апсайз. Средство Апсайз представляет собой кремообразную субстанцию, основой которой являются натуральные компоненты. Препарат не содержит в своем составе гормоны и химические реагенты. Его компоненты проникают в молочные железы и восстанавливают физиологические процессы в них. В результате грудь подтягивается и немного увеличивается в размерах. Среди основных свойств крема: изменение объема груди; повышение упругости; устранение растяжек; улучшение состояния кожи.



Регулон,увеличение груди. привет))Мне нет еще 18ти ,начиталась всякого ,купила себе регулон ,дабы увеличить грудь.Пью всего третий день ,но уже очень хочу ,чтобы грудь налиласьНапишите пожалуйста ,как у вас было при. Да, увеличение молочных желез — один из побочных эффектов Регулона. Такое случается при неправильном расчете дозировки препарата или при. 🔷️ Регулон УВЕЛИЧИЛ ГРУДЬ на размер, истончил эндометрий и СДЕЛАЛ ФРИГИДНОЙ. Результаты УЗИ на фото. Принимала перед протоколом ЭКО по ОМС. Увеличение груди при приеме ОК — побочный эффект. А мы все радуемся. . Увеличение груди — это же побочный эффект, почему такая радость? Таблетки для увеличения груди – это оральные контрацептивы Джес, Регулон, Ярина, Жанин, в которых есть влияющие на ее размер эстрогены и прогестерон. С той же целью могут использоваться лекарства Пре. Чтобы увеличить объем груди, необходимо принимать гормоны для роста . Регулон – противозачаточное средство, содержащее синтетический женский половой гормон, оказывающий влияние на рост груди; Жанин – гормональный. Увеличение груди на регулоне. Спрашивает: Антонина, Санкт-Петербург. . Грудь увеличение С 17 октября начала принимать Димиа, в первый же день почувствовала. Увеличилась грудь и припухли соски после приема. ситуация:пью Регулон,но.пью так.бывает забываю,пропускаю. и вот началось: болит поясница,тошнит,увеличилась и болит грудь,тянет нз живота. Регулон в качестве средства для увеличения бюста не имеет никаких . Увеличение груди в случае жанина носит побочный эффект и не является стабильным у всех женщин.

http://www.mooneymoves.com.au/admin/uploads/krem_dlia_podtiazhki_biusta_posle_kormleniia1673.xml

http://www.teotravel.ro/images/produkty_dlia_uvelicheniia_biusta_soderzhashchie_estrogeny_zhenshchin4885.xml

http://www.atasamente.ro/admin/userfiles/krem_dlia_uvelicheniia_grudi_Elektrostal3989.xml

http://stroyvodservice.ru/upload/organic_krem_dlia_biusta3407.xml

https://fantasyhockeygeek.com/app/webroot/uploads/ok_dlia_uvelicheniia_biusta9596.xml


Крем Upsize — это уникальная альтернатива маммопластики груди. Он подойдет женщинам разного возраста, которые желают подтянуть свой бюст и немного увеличить его. Вам больше не придется носить корректирующее белье и покупать бюстгальтеры с пуш-ап эффектом.


регулон увеличение бюста


Альтернативным и доступным способом операционному увеличения груди является применение крема Апсайз. Средство Апсайз представляет собой кремообразную субстанцию, основой которой являются натуральные компоненты. Препарат не содержит в своем составе гормоны и химические реагенты. Его компоненты проникают в молочные железы и восстанавливают физиологические процессы в них. В результате грудь подтягивается и немного увеличивается в размерах. Среди основных свойств крема: изменение объема груди; повышение упругости; устранение растяжек; улучшение состояния кожи.


Перед первой консультацией желательно почитать информацию о пластической операции, используемых сегодня хирургических методиках увеличения груди, чтобы знать, о чем говорить с экспертом, какие вопросы ему задавать. Подготовка к операции по уменьшению или увеличению груди (маммопластике) . Перед операцией пациентка должна пройти полное медицинское обследование для выявления общего состояния здоровья и возможных противопоказаний. Увеличение груди: предоперационные анализы. В стоимость пластической операции не входит предоперационное . Далее представлен перечень анализов, которые Вам необходимо сдать перед операцией по увеличению груди. Перед операцией по увеличению груди пациентку консультирует не только пластический хирург, но маммолог, анестезиолог, терапевт, кардиолог и гинеколог. В нашей клинике работают врачи указанных профилей, что делает процесс обследования понятным и комфортным. Памятка и рекомендации для пациенток, планирующих увеличение груди имплантами или липофилингом, а также подтяжку . Перед перед маммопластикой груди: эндопротезированием, липофилингом, подтяжкой, редукцией. Полное клиническое обследование, включающее анализы перед операцией по увеличению груди, позволяет выявить возможные противопоказания к предстоящей маммопластике. Для этого следует сдать все нужные анализы и пройти консультацию у профильных специалистов. Нельзя тянуть с обследованием до. В течение 1-2 недель перед операцией, пациентке потребуется сдать серию анализов . Одной из наиболее популярных у женщин и распространенных операций в современной пластической хирургии является увеличение или уменьшение груди. Как правило, этой услугой пользуются представительницы. 9 вещей, которые нужно знать перед операцией по увеличению и подтяжке груди. . Вам могут отказать в операции. Первое, о чем спросит профессиональный пластический хирург на консультации: является ли Ваша проблема многолетним комплексом, который вызывает дискомфорт и чувство неуверенности. Если врач решит проводить операцию через разрез под грудью (субмаммарный способ) . Возможно, стоит подождать с увеличением груди обладательницам . Перед тем как подписать договор с клиникой, убедись в квалификации хирурга, а. Как и любая операция, операция по увеличению груди требует тщательной подготовки не только от врача, но и от пациента. . Как минимум за две недели перед операцией врачи рекомендуют полностью отказаться от курения и приема алкоголя, так как алкоголь и никотин могут оказать негативное влияние на.

регулон увеличение бюста

регулон увеличение бюста

регулон увеличение бюста








>>>ПЕРЕЙТИ НА ОФИЦИАЛЬНЫЙ САЙТ >>>

Что такое регулон увеличение бюста?

Крем очень понравился! Сразу увидела эффект в области декольте. Кожа стала более гладкой и упругой. Крем достаточно легкий и быстро впитывается не оставляя жирных следов. Самое то для летнего сезона. Что касается подтяжки бюста то видимо нужно чуть больше времени, я пользуюсь только две недели. Но мне уже нравится.

Эффект от применения регулон увеличение бюста

Продукт Upsize был разработан для той категории женщин, которые не рискуют обращаться за помощью к пластическому хирургу. Крем предназначен для домашнего использования, он позволяет поддерживать грудь в хорошей форме, помогает вернуть тонус, упругость и, по утверждению разработчиков, увеличивает объемы.

Мнение специалиста

Самым главным плюсом крема Upsize является клиническая проверка разработчиками на всех этапах его изготовления, и многочисленные испытания данного продукта.

Как заказать

Для того чтобы оформить заказ регулон увеличение бюста необходимо оставить свои контактные данные на сайте. В течение 15 минут оператор свяжется с вами. Уточнит у вас все детали и мы отправим ваш заказ. Через 3-10 дней вы получите посылку и оплатите её при получении.



Отзывы покупателей:


Марина

Для получения желаемого результата, рекомендуется применять крем Upsize дважды в день ― после пробуждения и гигиенических процедур, а также перед сном.

Kira

Продукт Upsize был разработан для той категории женщин, которые не рискуют обращаться за помощью к пластическому хирургу. Крем предназначен для домашнего использования, он позволяет поддерживать грудь в хорошей форме, помогает вернуть тонус, упругость и, по утверждению разработчиков, увеличивает объемы.


Крем рекомендован для ежедневного ухода за бюстом и зоной декольте. Систематическое применение продукта формирует роскошные округлые очертания, благодаря специальному активному ингредиенту VOLUFILINETM, обладающему «пуш-ап» эффектом. В результате грудь выглядит более подтянутой и привлекательной. СПОСОБ ПРИМЕНЕНИЯ: Наносите утром и/или вечером на чистую кожу бюста и декольте круговыми движениями. Рекомендуемый курс ухода: 4-8 недель. Где купить регулон увеличение бюста? Самым главным плюсом крема Upsize является клиническая проверка разработчиками на всех этапах его изготовления, и многочисленные испытания данного продукта.



Регулон,увеличение груди. привет))Мне нет еще 18ти ,начиталась всякого ,купила себе регулон ,дабы увеличить грудь.Пью всего третий день ,но уже очень хочу ,чтобы грудь налиласьНапишите пожалуйста ,как у вас было при. Да, увеличение молочных желез — один из побочных эффектов Регулона. Такое случается при неправильном расчете дозировки препарата или при. 🔷️ Регулон УВЕЛИЧИЛ ГРУДЬ на размер, истончил эндометрий и СДЕЛАЛ ФРИГИДНОЙ. Результаты УЗИ на фото. Принимала перед протоколом ЭКО по ОМС. Увеличение груди при приеме ОК — побочный эффект. А мы все радуемся. . Увеличение груди — это же побочный эффект, почему такая радость? Таблетки для увеличения груди – это оральные контрацептивы Джес, Регулон, Ярина, Жанин, в которых есть влияющие на ее размер эстрогены и прогестерон. С той же целью могут использоваться лекарства Пре. Чтобы увеличить объем груди, необходимо принимать гормоны для роста . Регулон – противозачаточное средство, содержащее синтетический женский половой гормон, оказывающий влияние на рост груди; Жанин – гормональный. Увеличение груди на регулоне. Спрашивает: Антонина, Санкт-Петербург. . Грудь увеличение С 17 октября начала принимать Димиа, в первый же день почувствовала. Увеличилась грудь и припухли соски после приема. ситуация:пью Регулон,но.пью так.бывает забываю,пропускаю. и вот началось: болит поясница,тошнит,увеличилась и болит грудь,тянет нз живота. Регулон в качестве средства для увеличения бюста не имеет никаких . Увеличение груди в случае жанина носит побочный эффект и не является стабильным у всех женщин.

http://cecprint.com/images/dzhess_uvelichenie_grudi1926.xml

http://www.propiedadestalca.cl/dyn/uploads/massazh_dlia_uvelicheniia_grudi_otzyvy8607.xml

http://www.singasari.info/userfiles/sytin_uvelichenie_grudi5834.xml

http://megat.pl/uploaded/fck_files/file/tochechnyi_massazh_dlia_uvelicheniia_biusta5950.xml

http://sunwoodrealestate.com/sunwood/img/userfiles/uvelichenie_grudi_rostov_na_donu_tseny8587.xml


Продукт Upsize был разработан для той категории женщин, которые не рискуют обращаться за помощью к пластическому хирургу. Крем предназначен для домашнего использования, он позволяет поддерживать грудь в хорошей форме, помогает вернуть тонус, упругость и, по утверждению разработчиков, увеличивает объемы.


регулон увеличение бюста


Крем очень понравился! Сразу увидела эффект в области декольте. Кожа стала более гладкой и упругой. Крем достаточно легкий и быстро впитывается не оставляя жирных следов. Самое то для летнего сезона. Что касается подтяжки бюста то видимо нужно чуть больше времени, я пользуюсь только две недели. Но мне уже нравится.


Долго думала стоит ли вообще писать отзыв на этот крем и всё же решила поделиться своим не особо удачным опытом. И так, речь сегодня пойдет о креме для бюста Guam Intenso Breast Enhancer для увеличения. Увеличение груди- мечта миллионов женщин. Понятно, чтобы обладать такими свойствами, крем не может . Мой долгожданный отзыв, и увы отрицательный. пойдет о креме для увеличения объема груди Guam Gezhimu Crema Seno с био-комплексом. начну по порядку. Наверняка, у всех девушек это. Гуам, который для увеличения груди. Эффекта увеличения не наблюдаю ( крем второй раз . Поэтому тема очень актуальна, почитаю отзывы) о других марках. . Мне нравится крем для увеличения груди bust size. Кожа на ощупь лучше стала и мелких растяжек после кормления уже не видно. tansher soto |13. Крем я выбрала этот, так как хотела подтянуть грудь после грудного вскармливания. Что я могу сказать- эффект виден, кожа стала более упругая, более подтянутая, особого увеличения я не заметила, но оно мне и не нужно, главное было подтянуть кожу. Цена очень высокая за всего 250 мл, но приходится идти на. Крем понравился, насчет увеличения объема груди утверждать не берусь, но кожа заметно подтянута и грудь выглядит упругой. . Сколько раз в день нужно наносить крем?в инструкции не указано,а в отзывах кто-то указал 2 раза в день. Купила крем, в надежде восстановить свою грудь после родов. Через 3 недели использования (наносила на область вокруг сосков 2 раза в день) заметила резкое ухудшение . Крем для бюста Bustex для увеличения и коррекции формы груди. Отзывов: 1. Брэнд: Bustex. Тип: Крем для бюста.  50. Крем для. Или вообще какие-то крема для увеличения груди? какой эффект??вообще хоть что-то дает? у меня грудь небольшая, но цели … . у меня грудь небольшая, но цели увеличивать я не ставлю, просто хочу сохранить то, что есть, так как я худею))крем может в этом помочь? и еще такой вопрос все-таки они обычно. Крем приятно пахнет. Хорошо увлажняет, немного подтягивает кожу. Увеличения объема не заметила. . Бесплатная доставка по Украине! 100% Оригинальная продукция! Крем для увеличения объема груди — Guam Crema seno volumizante. Оценки и отзывы покупателей, которые заказали Крем-лифтинг для тела и груди Guam массажный, 250 мл в интернет-магазине OZON, помогут сделать вам правильный выбор. 100% Оригинал. Большой выбор продукции Guam. Доставка. Заказать сейчас!!! · Выгодные цены. Подарки с каждым заказом. Товар в наличии · Нижняя, д. 14с1 · Продавец: ООО «ЛАКОТЕ». Адрес: Россия, Москва,…

регулон перед эко — онлайн консультация репродуктолога по лечению бесплодия — 21.06.2018 в 18:22

регулон перед эко — онлайн консультация репродуктолога по лечению бесплодия — 21.06.2018 в 18:22 | ЭКО-блог

  1. Главная

  2. Задать вопрос врачу

  3. РЕПРОДУКТОЛОГ по лечению бесплодия

  4. регулон перед эко

1815
21 Июня 2018

Здравствуйте, готовимся к программе ЭКО. Перед программой врач назначила с 1 по 11 день цикла — регулон. Затем ждать менструации и с нового цикла начинаем протокол ЭКО, т.к. программа по квоте и нам нужно успеть её начать как можно раньше. Очень волнует, почему регулон нужно пить не 21 день, как написано в инструкции, а всего 11 дней? Может ли это отрицательно повлиять на результат ЭКО ?

Ответ

Добрый день, уважаемый пациент, данный препарат можно так принимать и отрицательно на эффективности программы ЭКО эта схема прием не скажется. С уважением, доктор Виктория Владиславовна

Ответ врача на Ваш вопрос носит только информационный характер, не является диагнозом и не заменяет очной консультации.

Подписаться на рассылку


Преимущества подписки

Ваш e-mail*

ПОДПИСАТЬСЯ

Задать вопрос врачу

  Задать вопрос


Преимущества при регистрации на сайте

Этапы программы экстракорпорального оплодотворения (ЭКО) в клинике «Святая Мария»

Стимуляция суперовуляции

Стимуляция суперовуляции – введение гормональных препаратов с целью
одновременного роста нескольких фолликулов и созревания нескольких
яйцеклеток. Для стимуляции овуляции применяют гормональные препараты,
которые по своей молекулярной структуре похожи на собственные гормоны
организма, обеспечивающих рост фолликула. Схему стимуляции, дозы
препаратов подбираются врачом индивидуально в зависимости от возраста
пациентки, количества попыток ЭКО в анамнезе, овариального резерва
(запаса яйцеклеток), показателей гормонов крови. В среднем
продолжительность стимуляции – 10-12 дней, за этот период времени Вам
необходимо приезжать в клинику на УЗИ каждые 2-3 дня для контроля
количества растущих фолликулов, темпов роста и коррекции дозы
гормональных препаратов. Также при необходимости врач проводит
гормональный мониторинг – определение уровня гормонов в течение
стимуляции. Во время стимуляции применяются препараты, которые
сдерживают преждевременную овуляцию (естественный выход яйцеклетки из
фолликула в брюшную полость). При достижении основными фолликулами
размеров 18-20 мм, назначают укол препаратов ХГЧ (прегнил, овитрель)
для финального созревания фолликулов и содержащихся в них яйцеклеток.
Препарат необходимо вводить В СТРОГО НАЗНАЧЕННОЕ ВРАЧОМ ВРЕМЯ. Через
35-36 часов после укола Вас приглашают на следующий этап –
трансвагинальную пункцию фолликулов (забор яйцеклеток).

Трансвагинальная пункция фолликулов

Трансвагинальная пункция фолликулов –способ получения яйцеклеток, при
котором производится прокол стенки влагалища длинной тонкой иглой и
последующим проведением иглы в фолликул. Фолликулярная жидкость вместе
с яйцеклеткой отсвасывается в стерильную пробирку. Пункция проводится
строго под контролем УЗИ, с применением кратковременного внутривенного
наркоза.

Поскольку процедура проводится под внутривенным наркозом необходимо за
5 часов до процедуры отказаться от приема пищи и жидкости. Желательно
взять с собой футболку (ночную рубашку), тапочки, носки. Также
желательно в день применения наркоза не быть за рулем автомобиля.

Оплодотворение ооцита/ов ”in vitro” проводится одним из двух способов

Инсеминацией «in vitro», когда полученные яйцеклетки
и сперматозоиды помещают в специальную питательную среду, где
происходит их соединение) или с применением
ИКСИ

Культивирование эмбрионов

После оплодотворения чашки с питательной средой и эмбрионами помещают
в инкубатор, где для них созданы идеальные условия. В инкубаторе
имитируются условия, в которых находятся эмбрионы первых суток в
организме женщины (температура, содержание кислорода и углекислого
газа и т.д.).

В течение нескольких дней эмбрионы находятся в инкубаторе, где
происходит их деление и развитие. Ежедневно эмбриологи оценивают
динамику и качество деления эмбрионов. Данная информация обязательно
передается врачу и сообщается Вам.

Перенос эмбриона/ов

Перенос эмбриона/ов происходит на 3 или 5 сутки их развития (сутки
переноса и количество переносимых эмбрионов определяется индивидуально
лечащим доктором), как правило, производится перенос 1 или 2
эмбрионов. Перенос 3-х эмбрионов в клинике не осуществляется.

В день переноса Вы приезжаете в клинику в назначенное врачом время,
т.к. процедура безболезненна и проводится без наркоза, Вы можете
позавтракать. Желательно взять с собой футболку, тапочки, носки. По
прибытии в клинику, Вы отмечаетесь у администратора отделения ВРТ.
Далее Вас пригласят в кабинет доктора, где обсужается количество и
качество переносимых эмбрионов, возможность криоконсервации и
назначается дальнейшая гормональная терапия. Затем Вас проводят в
палату и пригласят в операционную. Для переноса эмбрионов используют
очень тонкий, мягкий катетер, который вводят через цервикальный канал
(канал шейки матки) непосредственно в полость матки. Через катетер в
полость матки переносят Ваши эмбрионы. Перенос эмбрионов проводится
под контролем УЗИ. После переноса Вас на каталке отвезут в палату, где
Вы пробудете 30-40 минут.

Поддержка лютеиновой фазы цикла

Поддержка лютеиновой фазы –применение гормональных препаратов для
поддержания уровня эстрогенов и прогестерона в течение 14 дней после
переноса. Вид препарата, доза и схема применения определяются лечащим
доктором, в зависимости от ответа яичников на стимуляцию в проводимой
программе ЭКО, уровня гормонов крови и показателей коагулограммы.

В течение 14 дней не рекомендуется половая жизнь, активные физические
нагрузки, посещение бани или сауны. Постельный режим в течение этого
периода не показан

Если после переноса эмбриона/ов в полость матки у Вас появились жалобы
на: тянущие боли внизу живота, вздутие живота, одышка при физической
нагрузке, кровянистые ( в том числе и мажущие) выделения из половых
путей необходимо срочно позвонить лечащему доктору (или дежурному
доктору в воскресенье). До рекомендаций врача ни в коем случае не
отменяйте прием препаратов и не начинайте самостоятельный прием других
лекарственных средств.

Через 14 дней после переноса Вам необходимо сделать тест на
беременность (или сдать анализ крови на гормон ХГЧ) и обязательно
сообщить результаты лечащему доктору.

Во время программы ЭКО выдается лист нетрудоспособности с любого дня
(дня начала стимуляции, дня пункции, дня переноса) общей
продолжительностью не более 30 дней, при положительном результате
теста на беременность больничный лист продлевается до первого УЗИ по
беременности (примерно через 10 дней после получения результатов теста
на беременность). О необходимости получения больничного листа
проинформируйте медсестру Вашего лечащего доктора.

регулон увеличение бюста

регулон увеличение бюста

регулон увеличение бюста








>>>ПЕРЕЙТИ НА ОФИЦИАЛЬНЫЙ САЙТ >>>

Что такое регулон увеличение бюста?

Крем Upsize — хороший способ изменить внешний вид груди. Многие девушки хотят иметь бюст, размеры которого покорят любого мужчину. Чаще не остается другого варианта, как увеличение при помощи хирургического вмешательства. Не стоит спешить с этим, лучше попробовать сначала крем Upsize, результаты использования которого способны удивить.

Эффект от применения регулон увеличение бюста

Крем Upsize — это уникальная альтернатива маммопластики груди. Он подойдет женщинам разного возраста, которые желают подтянуть свой бюст и немного увеличить его. Вам больше не придется носить корректирующее белье и покупать бюстгальтеры с пуш-ап эффектом.

Мнение специалиста

Крем Upsize приятный по консистенции, вкусно пахнущий. Кожа после него не липкая, хорошо и достаточно быстро впитывается. Пользуюсь около 1,5 недели , стала заметна подтянутость и эффект ‘бархата’ на коже . Улучшился цвет кожи декольте . Советую , буду брать ещё .

Как заказать

Для того чтобы оформить заказ регулон увеличение бюста необходимо оставить свои контактные данные на сайте. В течение 15 минут оператор свяжется с вами. Уточнит у вас все детали и мы отправим ваш заказ. Через 3-10 дней вы получите посылку и оплатите её при получении.



Отзывы покупателей:


Тая

Крем рекомендован для ежедневного ухода за бюстом и зоной декольте. Систематическое применение продукта формирует роскошные округлые очертания, благодаря специальному активному ингредиенту VOLUFILINETM, обладающему «пуш-ап» эффектом. В результате грудь выглядит более подтянутой и привлекательной. СПОСОБ ПРИМЕНЕНИЯ: Наносите утром и/или вечером на чистую кожу бюста и декольте круговыми движениями. Рекомендуемый курс ухода: 4-8 недель.

Ия

Продукт Upsize был разработан для той категории женщин, которые не рискуют обращаться за помощью к пластическому хирургу. Крем предназначен для домашнего использования, он позволяет поддерживать грудь в хорошей форме, помогает вернуть тонус, упругость и, по утверждению разработчиков, увеличивает объемы.


Довольна своей покупкой, хотя переживала, что это будут деньги на ветер. Крем Upsize эффективен в использовании. Грудь слегка набухает. Зато свойство подтяжки работает более чем. Где купить регулон увеличение бюста? Крем Upsize приятный по консистенции, вкусно пахнущий. Кожа после него не липкая, хорошо и достаточно быстро впитывается. Пользуюсь около 1,5 недели , стала заметна подтянутость и эффект ‘бархата’ на коже . Улучшился цвет кожи декольте . Советую , буду брать ещё .



Регулон,увеличение груди. привет))Мне нет еще 18ти ,начиталась всякого ,купила себе регулон ,дабы увеличить грудь.Пью всего третий день ,но уже очень хочу ,чтобы грудь налиласьНапишите пожалуйста ,как у вас было при. Да, увеличение молочных желез — один из побочных эффектов Регулона. Такое случается при неправильном расчете дозировки препарата или при. 🔷️ Регулон УВЕЛИЧИЛ ГРУДЬ на размер, истончил эндометрий и СДЕЛАЛ ФРИГИДНОЙ. Результаты УЗИ на фото. Принимала перед протоколом ЭКО по ОМС. Увеличение груди при приеме ОК — побочный эффект. А мы все радуемся. . Увеличение груди — это же побочный эффект, почему такая радость? Таблетки для увеличения груди – это оральные контрацептивы Джес, Регулон, Ярина, Жанин, в которых есть влияющие на ее размер эстрогены и прогестерон. С той же целью могут использоваться лекарства Пре. Чтобы увеличить объем груди, необходимо принимать гормоны для роста . Регулон – противозачаточное средство, содержащее синтетический женский половой гормон, оказывающий влияние на рост груди; Жанин – гормональный. Увеличение груди на регулоне. Спрашивает: Антонина, Санкт-Петербург. . Грудь увеличение С 17 октября начала принимать Димиа, в первый же день почувствовала. Увеличилась грудь и припухли соски после приема. ситуация:пью Регулон,но.пью так.бывает забываю,пропускаю. и вот началось: болит поясница,тошнит,увеличилась и болит грудь,тянет нз живота. Регулон в качестве средства для увеличения бюста не имеет никаких . Увеличение груди в случае жанина носит побочный эффект и не является стабильным у всех женщин.

http://www.abofahed.com/userfiles/krem_dlia_uvelicheniia_grudi_v_Khuste7420.xml

http://www.latgalesamatnieki.lv/files/uvelichenie_grudi_vladikavkaz2701.xml

http://www.autosklo.sk/pictures/krem_dlia_uvelicheniia_grudi_v_Pervomaiske6103.xml

http://gruppogrottetreviso.com/newsletter/file_public/mieko_ioshimaru_uvelichenie_biusta2130.xml

http://travira.ru/img/shishki_khmelia_dlia_uvelicheniia_biusta_forum6834.xml


Крем Upsize — это уникальная альтернатива маммопластики груди. Он подойдет женщинам разного возраста, которые желают подтянуть свой бюст и немного увеличить его. Вам больше не придется носить корректирующее белье и покупать бюстгальтеры с пуш-ап эффектом.


регулон увеличение бюста


Крем Upsize — хороший способ изменить внешний вид груди. Многие девушки хотят иметь бюст, размеры которого покорят любого мужчину. Чаще не остается другого варианта, как увеличение при помощи хирургического вмешательства. Не стоит спешить с этим, лучше попробовать сначала крем Upsize, результаты использования которого способны удивить.


Я пила таблетки для увеличения груди на основе хмеля, грудь выросла на размер, но как только я бросила пить, она стала как прежде. От противозачаточных таблеток грудь увеличилась на размер, после прекращения приема, также стала как прежде. Во время беременности грудь увеличилась на размер, после стала. Как я увеличивала грудь хмелем. Доброе утро девченки! Сегодня я расскажу историю как пыталась увеличить грудь хмелем. . И типа такие фантастические отзывы меня покорили. Большая масса писала -да я увеличила с помощью хмеля,да результаты есть, да моя грудь стала больше. Я вдохновилась и. Достоинства: способствует увеличению груди | Недостатки: может навредить. . Оббегав все аптеки в поисках шишек хмеля а также масла шишек хмеля, я пришла к тому, что покупать их придется в интернете. Масло хмеля. Хмель для груди: отзывы. Сегодня на сайте Красивая и Успешная мы вновь говорим о нашем теле и хмеле. . Настой хмеля для увеличения груди. Считается, что с помощью этого настоя можно увеличить грудь за крайне короткий промежуток времени. Для приготовления настойки тебе. Девчонки, кто нибудь пробовал увеличить грудь с помощью отвара шишек хмеля по такому рецепту? Одну столовую ложку хмеля завариваете стаканом кипятка и оставляете в термосе на 6-8 час. Увеличение ГРУДИ настоем травы??? Не сочтите за глупышку. Нашла в инете кое-какую информацию. знаю, что здесь, в конфе чатстенько бывают профессионалы-медики. Меня интересует Ваше мнение по ЭТОМУ вопросу-«совету». Эффект от применения шишек хмеля для увеличения бюста трудно прогнозировать. В основном он зависит от особенностей конкретного организма: исходного гормонального фона, реакции на фитоэстрогены. По отзывам тех, кто уже протестировал этот метод, первые результаты становятся заметны не. Слышала в «Здоровье» от Малышевой народный рецепт для увеличения груди: нужно пить настой хмеля. . Или из мальчишек? Напишите P.S. Ксати, во многих БАДах для увеличения груди этот хмель содержится. Хмель увеличит женскую грудь без операции. Грудь начнет расти, если пить настой из шишек хмеля. В них содержится фитоэстроген. Одну столовую ложку шишек залить в термосе стаканом кипятка, настоять ночь. Утром процедить и пить по 1/3 ст. 3 раза в день. Настой очень горький. Грудь начнет наливаться.

Специалист по протоколам агрессивного ЭКО — Ирвинг, Техас и Арлингтон, Техас: IVFMD: Специалист по фертильности

Не все пациенты получат пользу от стандартных протоколов ЭКО. Хотя люпрон и противозачаточные таблетки (BCP) помогают задействовать несколько фолликулов, предотвращая естественный отбор одного доминирующего фолликула, каждый из них может подавлять реакцию яичников, особенно при совместном применении на этапе предварительной стимуляции.

Пациентам с низким овариальным резервом будет лучше, если будут использоваться схемы, сводящие к минимуму ингибирующие эффекты люпрона и противозачаточных таблеток (BCP).В IVFMD мы используем множество агрессивных протоколов для оптимизации ответа яичников. При выборе протокола для пациентов с низким запасом яиц опыт, творческий подход и гибкость врача значительно повышают шансы на успех. Ниже перечислены протоколы, которые мы эффективно использовали на протяжении многих лет:

1. Протокол Lupron Flare с микродозами

В обычном протоколе ЭКО Lupron и BCP используются как минимум за 2 недели до стимуляции яичников. У пациентов с низким запасом яйцеклеток эта комбинация может оказывать слишком сильное подавление на яичники.

В режиме микродозы лупрона используется очень небольшая доза лупрона всего за 3 дня до начала приема стимулирующих препаратов, чтобы минимизировать подавляющий эффект и воспользоваться уникальным свойством лупрона высвобождать ФСГ и ЛГ из гипофиза, которые являются те же гормоны, что и в стимулирующих препаратах. Таким образом, в течение первых нескольких дней приема Lupron яичники стимулируются естественными гормонами гипофиза (эффект обострения). Позже добавляются лекарства, содержащие те же гормоны, чтобы усилить эффект стимуляции.

Протокол микролупрона был одним из первых введенных агрессивных протоколов, и на протяжении многих лет помог многим пациентам с низким овариальным резервом зачать собственных детей, не прибегая к донорским яйцеклеткам. Его главный недостаток заключается в том, что вместе с ФСГ выделяется ЛГ, который потенциально может нарушить развитие яйцеклетки. Также существует повышенный риск преждевременной овуляции из-за подавления света гипофизом. Кроме того, пациенты с очень низким запасом яиц (AMH <0.5 нг / мл), все еще может значительно подавить реакцию яичников при краткосрочном применении BCP.

2. Протокол антагонистов, примированных эстрогеном

Этот протокол — наш любимый протокол для пациентов с очень низким овариальным резервом или тех, у кого плохой ответ после приема BCP. В этом протоколе цикл предварительной обработки представляет собой естественный цикл (без BCP). Примерно через неделю после овуляции вводят антагонист ГнРГ (ганиреликс или цетротид) для предотвращения преждевременного набора фолликулов, что часто наблюдается при преждевременном старении яичников.Кроме того, эстроген используется для обеспечения оптимальных условий для роста молодых фолликулов в будущем. Стимулирующие препараты назначаются на 3-й день следующей менструации, и антагонист будет снова использован позже, чтобы предотвратить преждевременную овуляцию.

При IVFMD в настоящее время это наш любимый протокол для пациентов с очень низким запасом яйцеклеток (AMH <0,5 нг / мл или общее количество антральных фолликулов 5 или меньше). Он позволяет избежать подавляющего эффекта Lupron и BCP на яичники. Кроме того, использование эстрогена во время цикла предварительной обработки предотвращает преждевременное привлечение фолликулов, что может уменьшить количество фолликулов, доступных для стимуляции.Исследования показали, что этот протокол позволяет более скоординированный рост фолликулов для улучшения качества и количества эмбрионов. Основным недостатком этого протокола является отсутствие гибкости в планировании цикла, поскольку стимуляция яичников может происходить в любой день.

3. Протокол вспышки люпрона в микродозах с эстрогеном

Мы представили этот протокол для улучшения протокола вспышки люпрона с микродозами. Мы оставляем этот протокол для пациентов, которые плохо реагируют на программу E2-Antagonist.Фаза предварительной обработки — это естественный цикл, в котором эстроген вводится в течение 7 дней в неделю после овуляции. В первый день менструации начинается прием микролупрона, к которому добавляются высокие дозы гонадотропинов на 3-й день цикла. Протокол E2-микролюпрона позволяет избежать подавляющего эффекта BCP, в то же время используя преимущества эстрогена для предотвращения преждевременного рекрутирования фолликулов и повышение чувствительности фолликулов к стимуляции. Он также обеспечивает эффект вспышки микролупрона для максимальной стимуляции яичников.При IVFMD несколько пациентов с АМГ 0,1-0,3 нг / мл были зачаты с использованием этого специального протокола.

4. Протокол фемара-антагонистов

И, наконец, протокол для пациентов, которые не ответили на все предыдущие протоколы из-за чрезвычайно низкого запаса яйцеклеток (АМГ <0,3 нг / мл, но не менее 3 антральных фолликула). В этом протоколе нет цикла предварительной обработки. Как только базовая сонограмма показывает по крайней мере 3 антральных фолликула, немедленно начинается стимуляция яичников с использованием комбинации Femara и высоких доз гонадотропинов (FSH и HMG).Фемара косвенно вызывает высвобождение ФСГ и ЛГ из гипофиза, блокируя синтез E2. Комбинация гипофизарного ЛГ и ФСГ и препаратов, получаемых из лекарств, обеспечивает очень сильную стимуляцию яичников. После 5-6 дней стимуляции добавляется антагонист для предотвращения овуляции до дня срабатывания ХГЧ.

Недостатком этого протокола является задержка роста эндометрия, вызванная 5-дневным приемом Фемары, но этот эффект можно быстро преодолеть с помощью вагинальных добавок эстрогена в последний день приема Фемары.Другой недостаток — отсутствие гибкости в планировании цикла, поскольку невозможно заранее спланировать начало стимуляции яичников. Однако для пациента, который желает получить последний шанс использовать свои собственные яйцеклетки, этот протокол дает ей последнюю возможность перед закрытием и переходом к донорским яйцеклеткам.

Основные преимущества и недостатки протоколов ЭКО при низком овариальном резерве суммированы в следующей таблице:

Приведенные выше протоколы помогли многим пациентам в ЭКО с низким овариальным резервом зачать своих биологических детей.У каждой схемы есть свои преимущества и ограничения, и пациенты по-разному реагируют на них. Пациентка должна помнить, что ни один протокол не может позволить ей производить больше яиц, чем ее яичники могут обеспечить за цикл, и что ни один протокол не может обратить вспять негативное влияние времени на качество ее яиц.

Специалисты по лечению бесплодия IVFMD предоставляют индивидуальные услуги ЭКО в Далласе, Техас, Форт-Уэрте, Техас, Грейпвайн, Техас и Ирвинге, Техас. Пожалуйста, позвоните в наш офис или запишитесь на прием онлайн сегодня.

Дифференциальная экспрессия гена в нетрансгенном и трансгенном яблоке «M.26», сверхэкспрессирующем ген CBF персика во время перехода от экологического покоя к распусканию почек

Роль факторов транскрипции CBF в ответах на низкую температуру / замораживание и дефицит воды была хорошо задокументированы для различных семейств и родов растений, включая древесные многолетники 1,13,26,27 . Было показано, что многочисленные чувствительные к абиотическому стрессу гены, обладающие каноническим коровым мотивом A / GCCAG в своих промоторах, являются нижележащими мишенями связывания CBF 28,29 .Исследования на растениях, сверхэкспрессирующих генов CBF , продемонстрировали повышенную выживаемость в искусственных и естественных условиях замораживания или ограничения воды 11,13,26,27 . В этих исследованиях сообщалось об улучшении устойчивости к замораживанию от -2 до -5 ° C в зависимости от системы растений. Wisniewski et al. 16 сообщили об увеличении от -3 до -4 ° C как у не акклиматизированных к холоду, так и у выращенных в теплицах яблонь, сверхэкспрессирующих ген персика CBF1 ( PpCBF1 , линия T166).Этот эффект позже был подтвержден в полевых исследованиях, где не акклиматизированные деревья в середине лета имели аналогичное повышение морозостойкости 18 . Artlip et al. 30 сообщили, что влияние на холодоустойчивость не было связано с передачей прививки через трансгенный подвой T166, но на молодость (время до цветения) влияли нетрансгенные привои, привитые к трансгенному подвою T166.

Сообщается, что процессы в растении, отличные от устойчивости к стрессу, улучшаются за счет сверхэкспрессии CBF .Сообщалось, что конститутивная сверхэкспрессия генов CBF приводит к снижению роста как травянистых, так и древесных растений, включая яблоню 16,18,19 . Избыточная экспрессия персика CBF1 в яблоке также влияет на вход в состояние покоя и выход из него. Wisniewski et al. 16 , Artlip et al. 18 и Wisniewski et al. 19 продемонстрировали, что яблоко приобрело новую чувствительность к фотопериодам короткого дня (SD), проявляющуюся в раннем старении листьев и завязывании бутонов.Несколько генов, которые, как известно, участвуют в процессах покоя, были исследованы Wisniewski et al. 19 . Они сообщили о корреляции между паттернами экспрессии генов весной и паттернами распускания почек, демонстрируемыми M.26 и T166. В то время как Wisniewski et al. 19 предоставили информацию об экспрессии нескольких генов, связанных с ростом и покоем, более полный анализ представлен в настоящем исследовании. Эта информация дает более полную картину того, как ген персика CBF1 влияет на многие физиологические процессы и пути, особенно те, которые связаны с покоем и ростом.Образцы, взятые с деревьев, выращенных в поле, являются отличным показателем воздействия белков CBF в естественных условиях.

На основании DEG, идентифицированных в настоящем исследовании, кажется, что сверхэкспрессия CBF в яблоке влияет на экспрессию генов сложным образом, что потенциально влияет на множество различных процессов и путей. Анализ РНК-seq, проведенный в настоящем исследовании, выявил приблизительно 46 500 генов, составляющих ≈73% предсказанного генома яблока (Таблица 1).Несмотря на то, что существует значительное перекрытие генов, экспрессируемых между T166 и «M.26» в течение любого данного месяца (дополнительные рисунки 5–12), также было обнаружено значительное различие (рисунки 3, 4, 5). PCoA показал, что экспрессия генов в июльских образцах двух генотипов была намного больше похожа друг на друга, чем на экспрессию генов в другие месяцы. Вероятно, что эффект сверхэкспрессии PpCBF1 на экспрессию генов минимален в летние месяцы, когда рост деревьев и общий метаболизм чрезвычайно активны.Точно так же кластеризация или родство выборок Feb и Mar для обоих генотипов, когда ростовые процессы почти минимальны, были в некоторой степени похожи друг на друга и отчетливо отделены от образцов Apr обоих генотипов.

Месяцы с февраля по март по апрель, охватывающие конец зимы и раннюю весну, являются переходным периодом для многолетних древесных растений в северном полушарии, поскольку за это время они преодолевают экопокрытие и распускаются почек. Сочетание фотопериода и температуры обычно способствует обширным изменениям в экспрессии генов у большинства многолетних древесных растений 1,6,31,32 .Напротив, яблоко (и груша) зависят исключительно от температуры, чтобы вызвать проникновение и высвобождение из экологического запаха 17 . Новая чувствительность к коротким дням, описанная Wisniewski et al. 16 , Artlip et al. 18 , Wisniewski et al. 19 и Artlip et al. 30 отражены в DEG, которые были идентифицированы в текущем исследовании.

Было исследовано несколько типов генов связанных со стрессом белков, чтобы определить, активируются ли они сверхэкспрессией PpCBF1 . Дегидрин и Поздний эмбирогенез Обильные гены ( LEA ) были активированы в T166 по сравнению с нетрансгенным родительским генотипом «M.26», как было ранее зарегистрировано у других видов. Эти гены обычно содержат сайт связывания C-повтора / DRE для CBF / DREB и распознаются как мишени для белков CBF / DREB. Результаты анализа RNA-seq согласуются с Wisniewski et al. 16,19 . DREB2A Гены также были активированы в T166 вместе с геном CBF / DREB1 Tiny .Возможно, что последние гены могут отвечать на несколько сигналов или иметь сайты C-повторов / DREB в своих промоторах. Примечательно, что нативные гены CBF и не экспрессировались по-разному, несмотря на присутствие C-повторов в промоторах MdCBF1 , 2 , 3 и 5 19 . Однако другие факторы также играют роль в экспрессии и регуляции CBF 1,13,15 , и возможно, что регуляция генов CBF яблока может отличаться от модели Arabidopsis .Действительно, некоторые из промоторов MdCBFx содержат регуляторные мотивы, согласующиеся с Shi et al. 15 или Wisniewski et al. 1 . Очевидно, необходимы дополнительные исследования того, как регулируется нативная экспрессия MdCBFx .

Было выявлено, что многие дополнительные стрессовые белки активируются в T166. Как маленькие (<30 кДа), так и большие (> 70 кДа) гены Heat Shock Protein ( HSP ) постоянно активируются в T166 в феврале и марте. HSP s, как известно, индуцируются низкими температурами 33 , и поэтому сверхэкспрессия PpCBF1 могла способствовать наблюдаемой положительной регуляции. В апрельских пробах T166 повышенная регуляция малых HSP сохранялась, в то время как большие HSP были в значительной степени подавлены. Одновременно несколько факторов транскрипции HSP также были активированы в апрельских образцах, что позволяет предположить, что они могут в первую очередь регулировать экспрессию небольшого гена HSP .Многочисленные гены, кодирующие белки с бактериальным мотивом Universal Stress Protein, также дифференциально экспрессировались, как правило, с повышенной регуляцией в T166 по сравнению с «M.26». Как отмечают Керк и соавт. 34 , функциональность этих доменов в Arabidopsis thaliana является неопределенной. Таким образом, необходимы дополнительные исследования, чтобы выяснить, каковы функции идентифицированных белков в коре яблони. Гены, связанные с окислительно-восстановительным гомеостазом или ROS, не соответствовали общим тенденциям, возможно, отражая относительно спящее состояние T166.Транскрипты для генов, подобных осмотину и тауматину , были явно подавлены в T166 по сравнению с «M.26» в ежемесячных образцах. Эти белки, реагирующие на АБК и реагирующие на раны, являются членами связанной с патогенезом 5 (PR5) группы белков патогенетического ответа 33 . Примечательно, что многие другие гены, индуцированные раной и патогенами, активируются в T166, что свидетельствует о сложном взаимодействии между CBF и путями передачи сигнала, ответственными за экспрессию генов, связанных с защитой.

Сравнения между T166 и «M.26», проведенные в текущем исследовании, показывают, что большие различия в экспрессии генов существуют в момент начала распада почек у «M.26», но не у T166. Различия в сроках распускания почек также были отмечены Artlip et al. 18 , который сообщил, что распускание почек в «M.26» было очевидным примерно у 5% деревьев в то время (апрель), когда отбирались образцы для исследования RNA-seq. Напротив, распускание почек у деревьев T166 не было очевидным до тех пор, пока не прошло еще две недели (см.также рис.1, это исследование).

Wisniewski et al. 19 исследовал ограниченный набор генов, связанных с ростом и покоем (гены RGL / DELLA , MdDAM s 1 3 и MdEBB1 ) в деревьях T166 и «M.26» и определили, что некоторые временные различия в уровне экспрессии этих генов были очевидны в этих двух генотипах. В настоящем исследовании был проведен более полный анализ экспрессии генов, который может служить основой для понимания влияния сверхэкспрессии CBF на устойчивость к замораживанию и покой, а также на некоторые другие нецелевые параметры, такие как рост и цветение. .

Уровни регулятора роста растений (PGR) влияют на все аспекты роста и развития растений, включая период покоя. Сообщалось, что на стимулирующие рост PGR, такие как ауксины, гиббереллины и цитокинины, сверхэкспрессия CBF влияет 35,36,37 . Гены, ответственные за хранение или катаболизм ауксинов, были в значительной степени активированы в апрельских образцах T166 по сравнению с «M.26», что позволяет предположить, что уровни ауксина были низкими и, таким образом, могли ингибировать начало роста T166. В самом деле, исследования камбиальных транскриптомных и камбиальных клеток осины убедительно подтверждают, что транспорт и восприятие ауксина жизненно важны для переходов от роста к состоянию покоя и наоборот. 5,7,29,38 .

Гены, кодируемые ферментом биосинтеза GA, такие как ent -кауреноксидаза, заметно активированы в T166 по сравнению с «M.26», однако несколько генов GA2-оксидазы (катаболических) также были активированы в T166 в апреле. Achard et al. 35 , Suo et al. 37 и Niu et al. 36 сообщили об изменениях в уровнях экспрессии генов биосинтеза GA и деактивирующих генов в растениях, сверхэкспрессирующих CBF генов в Arabidopsis thaliana , сое ( Glycine max ) и табак ( Nicotiana tabacum ), соответственно. .Suo et al. 37 и Niu et al. 36 сообщили о снижении уровней GA в CBF -гиперэкспрессирующих растениях. Низкие уровни GA стабилизируют ингибирующие рост белки RGL / DELLA 39 , что может усугубляться сверхэкспрессией CBF 35 . Транскрипты из четырех генов RGL / DELLA были обнаружены, главным образом, в апреле, но были немного подавлены в T166 по сравнению с «M.26». Экспрессия двух из этих генов, RGL1a и 1b , была ранее охарактеризована Wisniewski et al. 19 , которые также обнаружили, что уровень экспрессии этих генов в апреле существенно не отличался между T166 и «M.26». Wisniewski et al. 19 , однако, обнаружил различия в течение других месяцев, предполагая, что эти месяцы могут иметь решающее значение для воздействия сверхэкспрессии CBF на торможение роста. Важные гены, чувствительные к GA, также могут подавляться в T166 и, таким образом, способствовать замедлению роста. Например, транскрипты, кодирующие многочисленные предполагаемые GID1 GA-рецепторы, были идентифицированы в текущем анализе транскриптомов и, как было обнаружено, значительно подавлены в T166.Белки GID1 связываются с GA и способствуют деградации белков RGL / DELLA, тем самым снимая ингибирование роста RGL / DELLA 40 . Однако данные текущего исследования неоднозначны с точки зрения очевидных паттернов экспрессии, и предмет требует дальнейшего изучения.

Bhalerao and Fischer 7 отметили, что снижение ответа на цитокинины может привести к снижению скорости деления камбиальных клеток, и хорошо известно, что уровни цитокининов также могут влиять на рост. Поэтому были исследованы гены, кодирующие ферменты хранения и инактивации цитокининов.В целом, эти гены были активированы в T166 по сравнению с «M.26», что указывает на другой потенциальный механизм, с помощью которого сверхэкспрессия PpCBF1 может отрицательно влиять на рост и развитие. В самом деле, гены, кодирующие ANT / AIL (ANTINTEGUMENTA / AINTEGUMENTA-LIKE) и CYCD (циклины D-типа), все подавляются в T166 по сравнению с «M.26» в апреле. ANT / AIL положительно регулируют CYCD, увеличивая деление клеток 7 .

Были исследованы ингибирующие гены, связанные с ГРР, связанные с АБК и этиленом.Было обнаружено, что гены, кодирующие несколько членов пути передачи сигнала ABA (рецепторы PYL / PYR, SnRK2 и 3 гомолога, каскад митоген-протеинкиназ, фосфолипаза D), дифференциально экспрессируются в течение всего периода отбора проб, особенно в апреле. Однако не было последовательной тенденции в экспрессии, что позволяет предположить, что сверхэкспрессия PpCBF1 не влияет напрямую на передачу сигнала ABA. Экспрессия генов, связанных с этиленом, была аналогичным образом несовместима без очевидного паттерна внутри или между двумя генотипами.В то время как гомологи терминального биосинтетического фермента АСС оксидазы , как правило, были активированы в образцах апрельского Т166, а также в течение нескольких других месяцев, гены рецептора этилена различались по уровню экспрессии.

Сообщалось о множестве генов и моделей, которые связывают PGR с входом в состояние покоя и выходом из него. Сообщалось о моделях регулирования покоя древесных многолетников, которые включают аспекты травянистых моделей 6,7,41,42,43 . Общий путь включает восприятие фотопериода фитохромами A и B, которые взаимодействуют с белками циркадного ритма (LHY, TIC и TOC).Затем стимулируются модули CO / FT, что приводит к активации гомолога AP1, за которым следует ANT / AIL1, что приводит к индукции вегетативного роста. Rinne et al. 25 предложил гипотезу плазмодесм (PD), согласно которой сфинктеры каллозы закрывают PD осенью, не позволяя стимулирующим PGR достичь апикальной меристемы. По мере увеличения продолжительности светового дня GA-индуцируемые 1,3-β-глюканазы разрушают каллозную пробку, позволяя стимулирующим PGR проникать в меристематические клетки и вызывать распускание почек. Tylewicz et al. 44 дополнительно уточнил эту гипотезу, сообщив, что начало покоя зависит от ABA, причем фотопериод играет роль. АБК также участвует в эндодормальности бутонов груши, как сообщили Li et al. 45 . Яблоко и груша тесно связаны между собой, поэтому возможно, что у них тоже есть этот механизм. В самом деле, яблоко и груша имеют близкородственные гены DAM и общие паттерны экспрессии, согласно оценке сезонных сборов тканей и экспериментов с камерой роста 19,28,46,47 .

DEG, которые включены в данные или модели, представленные Schrader et al. 5 , Ding and Nilsson 40 , Bhalerao and Fischer 7 и Xing et al. 48 наблюдались в текущем исследовании. В апреле экспрессия PhyA и B была немного подавлена ​​в T166 по сравнению с «M.26», как и CRYPTOCHROME1 . Гены PhyC также были активированы, но не участвовали в современных моделях регуляции покоя.Другие известные члены циркадного регуляторного модуля либо не экспрессировались дифференциально (например, TIC , CCA1 ), либо проявляли смешанную экспрессию (повышенная или пониженная дифференциальная экспрессия в T166 по сравнению с «M.26»). Смешанная экспрессия наблюдалась также для GI , CO , гомолога FT MdFT2 и ANT / AIL1 . Возможно, неудивительно, что GI , CO и ANT / AIL проявляют экспрессию в камбиальных тканях, поскольку восприятие и передача света наблюдались в тканях зачатков и сосудов 7,30,49 .Однако присутствие MdFT2 в камбиальных тканях, по-видимому, является новым. Предыдущие сообщения о яблоке показывают, что MdFT2 высоко экспрессируется в развивающихся фруктах 23 . Учитывая известную роль FT в индукции цветков, Mimida et al. 50 предположили, что MdFT2 может играть роль в органах цветка и развитии плодов. Настоящее исследование предполагает, что MdFT2 также может играть роль в динамике роста камбия в начале сезона.Гены автономного пути и пути яровизации экспрессируются непоследовательно по-разному. Эти пути обычно считаются частью цикла покоя / цветения травянистых растений, но также действуют и у многолетних древесно-цветковых растений. 48 . Основная цель автономных путей и путей яровизации — FLC . Паралог FLC , названный MdMAF2 и ранее описанный в зародышах 51 , был слегка понижен в T166 по сравнению с «M.26 ”. Kumar et al. Однако 52 не согласны с назначением MdMAF2 в качестве паралога FLC . Такое несоответствие в сочетании с наблюдаемым низким числом транскриптов делает релевантность экспрессии MdMAF2 в коре, дифференциальную или нет, в лучшем случае неясной.

Другие гены, связанные с вегетативным или сосудистым ростом, такие как SOC , SPL и CLAVATA 5,7,23,53 , также различались по своей экспрессии. PXY , связанный с решениями судьбы камбиальных клеток 7 , был отрицательно DE в T166 по сравнению с «M.26». Более тонкий диаметр стержня, указанный для T166 по сравнению с «M.26» Artlip et al. 18 может отражать это подавленное выражение. Общие гены, связанные с ростом, такие как циклины, белки контроля клеточного деления и экспансины 5,7 , как правило, были подавлены в T166 по сравнению с «M.26» в ходе исследования, особенно в апреле. Это может отражать общее подавление стимулирующих рост PGR, что приводит к позднему распусканию почек и снижению роста, наблюдаемому у T166.Экспрессия knotted1-подобных генов ( MdKNAP ) обычно повышалась в T166 по сравнению с «M.26». Известно, что гены MdKNAP1 и 2 экспрессируются во время роста и развития 54 в ткани междоузлия стебля яблони, но только MdKNAP1 экспрессировался по-разному, с повышенной регуляцией T166 в настоящем исследовании. Также известно, что Populus узловых1 гомологов могут иметь перекрывающиеся, но дискретные функции в этих процессах 55,56 .Тщательное изучение генов KNAP яблока в T166 и «M.26» явно необходимо для выяснения того, какую роль они могут играть в период покоя и роста.

Гены, связанные с гипотезой БП, в целом подавлялись в T166 (каллозосинтазы, ремурины, глюканэндо-1,3-бета-глюкозидаза (глюканазы группы 17). состояние покоя у T166, поскольку Rinne et al., 25 сообщили о положительной корреляции между их экспрессией и высвобождением покоя.

Сообщалось, что белки, связанные с покоем, MADS-box (DAM) регулируют покой у персика. 57,58,59 и участвуют в других видах. Об экспрессии генов DAM яблока сообщили несколько групп, включая Wisniewski et al. 19 в тканях коры как MdDAM s 1 3 , а Wu et al. 47 в апикальных зачатках как MdDAMa , MdDAMc и MdSVPb соответственно. В настоящем исследовании было обнаружено, что MdDAM1 / MdDAMa имеет незначительную, но статистически значимую активацию T166 в феврале, марте и апреле. MdDAM2 / MdDAMc был активирован в T166 относительно «M.26» только в апреле, без статистически значимых данных дифференциальной экспрессии за февраль, март и июль. Отсутствие статистически значимых данных дифференциальной экспрессии не означает отсутствия экспрессии ни в T166, ни в «M.26». Скорее, уровни экспрессии в обоих генотипах были настолько похожи, что их просто отфильтровали из биоинформатического конвейера, использованного в этом исследовании. Таким образом, MdDAM2 / MdDAMc , наряду с MdDAM3 / MdSVPb , не экспрессировались по-разному в течение других месяцев, исследованных в этом исследовании.Данные по экспрессии, наблюдаемые в настоящем исследовании, в целом согласуются с данными, представленными Wisniewski et al. 19 с небольшой разницей в экспрессии этих генов между тканями коры T166 и «M.26». Wu et al. 47 сфокусировано в первую очередь на экспрессии MdDAM и MdSVP в апикальных зачатках. Аналогичным образом Falavigna et al. 60 собрал данные из этих и других исследований, создав модель экспрессии DAM в апикальных зачатках как функции покоя.Их модель предполагает повышенную экспрессию MdDAM2 / MdDAMc , совпадающую с концом цикла роста, за которой следует повышенная экспрессия MdDAM1 / MdDAMa как компонент эндодормальности. Повышенная экспрессия третьего DAM , MdDAMb (не сообщается в этом исследовании), способствует экодормальности; его пониженная экспрессия предвещает распускание почек 60 . Вероятно, что MdDAMb не является DEG в тканях коры или не является DEG на момент отбора пробы.В целом данные и интерпретации Wu et al. 47 и Falavigna et al. 60 в значительной степени согласуются с данными, представленными Wisniewski et al. 19 и настоящее исследование, в котором основное внимание уделялось тканям коры (камбия), а не почкам. Кроме того, многие результаты настоящего исследования отражают результаты, представленные Schrader et al. 5 у тополя, что указывает на существование консервативной динамики роста камбия между двумя видами из разных таксономических семейств.

В совокупности данные этого исследования расширяют результаты, сообщенные Wisniewski et al. 19 и Artlip et al. 30 Гипотетическая структура потенциальных прямых и косвенных эффектов сверхэкспрессии PpCBF1 представлена ​​на рис. 6. Текущее исследование показывает, что эффект сверхэкспрессии PpCBF1 в линии T166 является сложным, что подтверждается значительными различиями в экспрессии генов. наблюдается у двух генотипов в любой конкретный месяц (дополнительные таблицы 2–7; дополнительные рисунки 5–12). PpCBF1 Сверхэкспрессия , по-видимому, влияет на биосинтез, передачу сигнала и инактивацию PGR.Влияние на экспрессию генов, связанных с PGR, может затем повлиять на сложный процесс, связанный с распусканием почек. В общем, изменения в экспрессии генов, которые наблюдались в «M.26» во время распускания почек и повторной активации роста, были несколько задержаны в T166. Более тщательное изучение генов, идентифицированных в настоящем исследовании, необходимо для лучшего понимания плейотропных эффектов сверхэкспрессии PpCBF1 в трансгенном яблоке T166.

Рис. 6: Потенциальная сеть взаимодействия эффектов сверхэкспрессии CBF в тканях коры в основном в апреле.

Гены, которые подавлены в T166 по сравнению с M.26, показаны красным, а гены с повышенной экспрессией в T166 по сравнению с M.26 — зеленым. Названия генов, выделенные черным цветом, указывают на отсутствие различий между T166 и M.26 или неоднородные паттерны экспрессии нескольких членов семейства генов. Сплошные линии обозначают доказательства в литературе или выведенные в этом исследовании, пунктирные линии обозначают спекулятивные взаимодействия, стрелки обозначают стимулирующие действия, а концы T обозначают тормозящие действия. TF, факторы транскрипции; SAUR, малая РНК, повышающая ауксин; KNAP, Knotted1-likeAPple; CRY, криптохром; PHY, фитохром; GI, GIgantea; CO, COnstans; SOC, супрессор сверхэкспрессии констант 1; LFY, LeaFY; SPL — подобное связывание промотора чешуйчатой ​​железы; СДС, фактор взаимодействия с фитохромом; GNC / GNL, GATA, индуцируемый нитратами, с участием углеродного метаболизма / GNC-подобный; CKIIα, альфа-субъединица казеинкиназы II; TOC — время экспрессии CAB 1; LHY, поздний удлиненный HYpocotyl, CCA1, циркадный и связанный с часами 1; ELF3, раннее цветение3; ZTL / ADO; Zeitlupe / Adagio; RVE, Reveille; PFT1, интегратор фитохрома и цветения 1; FKF1, белок F-бокса флавин-связывающего повтора келча; FCA, FT, время цветения; FLC, локус цветения C; LD, LuminiDependens; FLK, мотив позднего цветения KH; ФРИ, ФРИГИДА; FCA, локус контроля цветения A; VRN2, яровизация2; VIN3, нечувствительность к яровизации3; FIE, эндосперм, не зависящий от оплодотворения; VIP3, Независимость от яровизации 3; ANT / AIL, AiNTegumenta / AIntegumenta-Like; CYCD, тип циклина D; ARR-A / B, регулятор ответа типа A / B / C Arabidopsis ; CLV, Clavata; WUS, Wuschel; SnRK2, неферментирующая киназа 1 сахарозы Родственная протеинкиназа 2; PP2C, Mg2 + -зависимая и Mn2 + -зависимая серин-треониновая фосфатаза типа 2C; NCED, 9-цисепоксикаротиноид диоксигеназа; EBB, Early Bud Break.Пути адаптированы из информации, представленной в исх. 19,20,25,30,39,40,44,48,55,60,72,73 и в KEGG (https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway:mdm04016 и https : //www.genome.jp/dbget-bin/www_bget? путь: mdm04075). Данные по EBB в бутонах взяты из исх. 19

(PDF) Основной регулятор глобального анаэробного регулятора Anr нацелен на функции центрального метаболизма у видов Pseudomonas

11

НАУЧНЫЕ ОТЧЕТЫ | (2019) 9: 9065 | https: // doi.org / 10.1038 / s41598-019-45541-0

www.nature.com/scientificreports

www.nature.com/scientificreports/

Ссылки

1. Palleroni, N. & Genus, I. Pseudomonas. В Руководстве по систематической бактериологии Берджи, том второй: Proteobacteria, часть B: e

Gammaproteobacteria, https://doi.org/10.1007/0-387-28022-7 (2005).

2. Угидос, А., Моралес, Г., Чиал, Э., Уильямс, Х. Д. и Чойо, Ф. Координированная регуляция множественных терминальных оксидаз с помощью глобального регулятора

Pseudomonas putida AN.Environ. Microbiol. 10, 1690–1702 (2008).

3. Trun, . и другие. Анаэробная адаптация у Pseudomonas aeruginosa: определение регулонов Anr и Dnr. Environ. Microbiol. 12,

1719–1733 (2010).

4. Галиманд, М., Гампер, М., Циммерман, А. и Хаас, Д. Положительный контроль FN-лиги анаэробной деградации аргинина и нитратного дыхания

у синегнойной палочки. J. Bacteriol. 173, 1598–1606 (1991).

5. Пиловщик, . G. Идентификация и молекулярная характеристика регулятора транскрипции из Pseudomonas aeruginosa PAO1

, проявляющего структурное и функциональное сходство с белком FN Escherichia coli.Mol Microbiol 5, 1469–1481 (1991).

6. Crac, J.C. et al. Восприятие сигнала FN: роль железо-серного кластера. Biochem. Soc. Пер. 36, 1144–1148 (2008).

7. Eschbach, M. et al. Долгосрочная анаэробная выживаемость условно-патогенного микроорганизма Pseudomonas aeruginosa в результате ферментации пирувата.

J. Bacteriol. 186, 4596–4604 (2004).

8. Schreiber, . и другие. Для анаэробного выживания Pseudomonas aeruginosa при ферментации пирувата необходим стрессовый белок Usp-типа.J.

Bacteriol. 188. С. 659–668 (2006).

9. Валлет-Гели, И., Шарп, Дж. С. и Дав, С. Л. Локальные и глобальные регуляторы, связывающие анаэробиоз с экспрессией эмбриального гена cupA в

Pseudomonas aeruginosa. J. Bacteriol. 189, 8667–8676 (2007).

10. Хаммонд, Дж. Х., Долбен, Э. Ф., Смит, Т. Дж., Бхуджу, С. и Хоган, Д. А. Линьс между Anr и зондированием кворума в биопленках Pseudomonas

aeruginosa. J. Bacteriol. 197. С. 2810–2820 (2015).

11.Yoon, S. S. et al. Двусторонняя стратегия выживания для основного возбудителя кистозного фиброза, Pseudomonas aeruginos a, лишенная способности

разлагать оксид азота во время анаэробного дыхания. EMBO J. 26, 3662–3672 (2007).

12. Giardina, G., inaldo, S., Castiglione, N., Caruso, M. & Cutruzzolà, F. Для активации

DN из Pseudomonas aeruginosa необходима драматическая конформационная перестройка. Кристаллическая структура DN дикого типа. Proteins Struct.Функц. Биоинформа. 77,

174–180 (2009).

13. Vollac, . U., Härtig, E., örner, H. & Zum, W. G. Множественные факторы транскрипции семейства FN в денитрификации Pseudomonas

stutzeri: характеристика четырех генов fnr-lie, регуляторные реакции и родственные метаболические процессы. Мол. Microbiol. 31,

1681–1694 (1999).

14. Niel, P. I. & de Lorenzo, V. Pseudomonas putida как функциональное основание для промышленного биокатализа: от естественной биохимии к транс-метаболизму

.Метаболическая инженерия 50, 142–155, https://doi.org/10.1016/j.ymben.2018.05.005 (2018).

15. Трибелли, П. М., Нильель, П. И., Оппеццо, О. Дж. И Лопес, Н. И. Анр, анаэробный глобальный регулятор, модулирующий окислительно-восстановительное состояние и устойчивость к окислительному стрессу.

Pseudomonas extremaustralis. Microbiology 159, 259–268 (2013).

16. Трибелли П. М., Мендес Б. С. и Лопес Н. И. Чувствительный к кислороду глобальный регулятор, anr, участвует в биосинтезе поли (3-

гидроксибутирата) у Pseudomonas extremaustralis.J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 19. С. 180–188 (2010).

17. Трибелли П. М., Хей А. Г. и Лопес Н. И. Глобальный анаэробный регулятор Anr участвует в прикреплении и агрегации клеток

, влияя на первые стадии развития биопленки у Pseudomonas extremaustralis. PLoS One 8, e76685 (2013).

18. L aville, J. et al. Характеристика кластера генов hcnABC, кодирующего цианидсинтазу, и анаэробной регуляции с помощью AN

в строго аэробном агенте биоконтроля Pseudomonas uorescens CHA0.J. Bacteriol. 180, 3187–3196 (1998).

19. Burstein, D. et al. Новые возбудители типа III у Pseudomonas aeruginosa. MBio 6, e00161, https://doi.org/10.1128/mBio.00161-15

(2015).

20. Гомила, М., Пенья, А., Мулет, М., Лалукат, Дж. И Гарсия-Вальдес, Э. Филогеномика и систематика в Pseudomonas. Фронт. Microbiol.

6, 214 (2015).

21. Wiegand, I. et al. Мутаторные гены, вызывающие снижение чувствительности к антибиотикам у синегнойной палочки.Противомикробный. Агенты

Chemother. 52, 3810–3813, https://doi.org/10.1128/AAC.00233-08 (2008).

22. Эдгар Э., Домрачев М. и Лэш А. Е. Омнибус экспрессии генов: репозиторий данных по экспрессии генов NCBI и гибридизации.

Nucleic Acids es. 30, 207–210, https://doi.org/10.1093/nar/30.1.207 (2002).

23. Трибелли, П. М. и др. Микроаэрофильная деградация алана в Pseudomonas extremaustralis: транскриптомный и физиологический подход

.J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 45, 15–23 (2018).

24. Follonier, S. et al. Новые сведения о реорганизации транскрипции генов у Pseudomonas putida T2440 при повышенном давлении.

Фабрики микробных клеток 12, 30 (2013).

25. aiger Iustman, L.J. et al. Анализ последовательности генома Pseudomonas extremaustralis позволяет по-новому взглянуть на экологическую адаптивность

и устойчивость к экстремальным условиям. Экстремофилы 19, 207–220 (2015).

26.Циммерманн, А., Шеймманн, К., Галиманд, М. и Хаас, Д. Анаэробный рост и синтез цианида Pseudomonas aeruginosa

зависят от anr, регуляторного гена, гомологичного fnr Escherichia coli. Мол. Microbiol. 5, 1483–1490, https: // doi.

org / 10.1111 / j.1365-2958.1991.tb00794.x (1991).

27. Аюб, Н. Д., Джулия Петтинари, М., Мендес, Б. С. и Лопес, Н. И. Нарушение биосинтеза полигидроксибутирата из глюкозы в

Pseudomonas sp. 14-3 происходит из-за дефектного гена β-этотиолазы.FEMS Microbiol. Lett. 264. С. 125–131 (2006).

28. Catone, M. V. et al. Высокая продукция полигидроксибутирата у Pseudomonas extremaustralis связана с дифференциальной экспрессией

горизонтально приобретенных генов полигидроксиаланоатсинтазы и корового генома. PLoS One 9, e98873 (2014).

29. Pane, H. & O’Brian, M.. Полногеномный взгляд на биосинтез прогариотического гема. Microbiology 148, 2273–2282, https: // doi.

орг / 10.1099 / 00221287-148-8-2273 (2002).

30. Chavarría, M., Niel, P. I., Pérez-Pantoja, D. & De Lorenzo, V. Путь Энтнера-Дудоро наделяет Pseudomonas putida

T2440 высокой устойчивостью к окислительному стрессу. Environ. Microbiol. 15. С. 1772–1785 (2013).

31. Чай А. и Уильямс Х. Д. Эффекты мутации гена anr в аэробной дыхательной цепи Pseudomonas aeruginosa. FEMS

Микробиол. Lett. 156. С. 227–232 (1997).

32. obinson, J. L., Jaslove, J. M., Murawsi, A.M., Fazen, C.H. & Brynildsen, M.P. Интегрированный сетевой анализ показывает, что азотная оксидредуктаза

предотвращает метаболический цикл оксида азота Pseudomonas aer uginosa. Метаб. Англ. 41, 67–81 (2017).

33. Ниль, П. И. и де Лоренцо, В. Разработка анаэробного метаболического режима в Pseudomonas putida T2440 для аноксического

биоразложения 1,3-дихлорпроп-1-ена. Встретил ab. Англ. 15, 98–112, https://doi.org/10.1016/j.ymben.2012.09.006 (2013).

34. Giardina, G., Castiglione, N., Caruso, M., Cutruzzola, F. & inaldo, S. e Pseudomonas aeruginosa DN транскрипционный фактор: свет

и оттенок механизмов определения оксида азота. Biochem. Soc. Пер. 2011. Т. 39. С. 294–298.

35. Lo eschce, A. & ies, S. Pseudomonas putida — универсальный хозяин для производства натуральных продуктов. Прил. Microbiol. Биотех. 99,

6197–6214 (2015).

36. Niel, P. I., Chavarría, M., Fuhrer, T., Sauer, U.& Де Лоренцо, V. Pseudomonas putida T2440 штамм метаболизирует глюкозу в цикле

, образованном ферментами путей Entner-Doudoro, Embden-Meyerhof-Parnas и пентозофосфатных путей. J. Biol. Chem. 290,

25920–25932 (2015).

37. Даддауа, А., Коррал-Луго, А., Чамос, Дж. Л. и Эрелл, Т. Идентификация Gnt как регулятора метаболизма глюкозы у Pseudomonas

aeruginosa. Environ. Microbiol. 19. С. 3721–3733 (2017).

38. Дель Кастильо, Т., Duque, E. & amos, J. L. Набор активаторов и репрессоров контролирует периферические пути глюкозы в Pseudomonas

putida, чтобы получить общий центральный промежуточный продукт. J. Bacteriol. 190, 2331–2339 (2008).

Содержимое любезно предоставлено Springer Nature, применяются условия использования. Права защищены

Конкретные экоэволюционные контексты в кишечнике мыши Выявление метаболической универсальности Escherichia coli

Основные моменты

Эволюция E. coli в моноколонизированном кишечнике мыши очень предсказуема

Предпочтение потребления серина является основным фактором адаптации

Совместная колонизация с B.coccoides изменяет метаболом кишечника, а E. coli эволюция

Эволюция совместно колонизированных мышей повторяет процесс, наблюдаемый со сложной микробиотой

Резюме

Считается, что члены кишечной микробиоты испытывают сильные конкуренция за питательные вещества. Однако то, как такая конкуренция формирует их эволюционную динамику и зависит от внутри- и межвидовых взаимодействий, мало изучено. Здесь мы проверяем гипотезу о том, что эволюция Escherichia coli в кишечнике мыши более предсказуема для разных хозяев в отсутствие межвидовой конкуренции, чем в присутствии других видов микробов.В подтверждение мы наблюдали, что lrp, — ген, кодирующий глобальный регулятор метаболизма аминокислот, был повторно выбран у стерильных мышей через 2 недели после моноколонизации этой бактерией. Мы установили, что эта специфическая генетическая адаптация увеличивает способность E. coli конкурировать за аминокислоты, а анализ кишечных метаболитов выявил серин и треонин как метаболиты, которые предпочтительно потребляются E. coli в моноколонизированном кишечнике мыши. Предпочтение потребления серина было дополнительно подтверждено тестированием набора мутантов, которые показали потерю преимущества мутанта lrp , нарушенного в метаболизме серина in vitro, и in vivo, .Примечательно, что присутствие единственного дополнительного члена микробиоты, Blautia coccoides , было достаточным, чтобы изменить метаболом кишечника и, следовательно, эволюционный путь E. coli. В этой среде преимущество пригодности мутантных бактерий lrp утрачено, и вместо этого были выбраны мутации в генах, участвующих в анаэробном дыхании, что повторяет эко-эволюционный контекст мышей со сложной микробиотой. Вместе эти результаты подчеркивают метаболическую пластичность и эволюционную универсальность E.coli , адаптированный к конкретной экологии кишечника.

Ключевые слова

Escherichia coli

без микробов

кишечник, метаболомика

эволюция

метаболизм аминокислот

метаболизм серина

Blautia coccoides

0Рекомендуемые статьи

gnotobiology

© 2020 Elsevier Ltd.

Рекомендуемые статьи

Цитирующие статьи

Полногеномный анализ регулона RpoN в Geobacter sulfurereducens | BMC Genomics

  • 1.

    Buck M, Cannon W. Специфическое связывание фактора транскрипции сигма-54 с промоторной ДНК. Природа. 1992, 358 (6385): 422-424. 10.1038 / 358422a0.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 2.

    Barrios H, Valderrama B, Morett E: Компиляция и анализ сигма 54 -зависимых промоторных последовательностей. Nucleic Acids Res. 1999, 27 (22): 4305-4313. 10.1093 / нар / 27.22.4305.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 3.

    Studholme DJ, Dixon R: Доменные архитектуры сигма54-зависимых активаторов транскрипции. J Bacteriol. 2003, 185 (6): 1757-1767. 10.1128 / JB.185.6.1757-1767.2003.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 4.

    Reitzer L, Schneider BL: Метаболический контекст и возможные физиологические темы сигма 54 -зависимых генов в Escherichia coli . Microbiol Mol Biol Rev.2001, 65 (3): 422-444.10.1128 / MMBR.65.3.422-444.2001.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 5.

    Studholme DJ, Buck M: Биология энхансер-зависимой регуляции транскрипции у бактерий: понимание последовательностей генома. FEMS Microbiol Lett. 2000, 186 (1): 1-9. 10.1111 / j.1574-6968.2000.tb09074.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 6.

    Ishimoto KS, Lory S: Для образования пилина в Pseudomonas aeruginosa требуется альтернативный сигма-фактор (RpoN) РНК-полимеразы. Proc Natl Acad Sci USA. 1989, 86 (6): 1954-1957. 10.1073 / pnas.86.6.1954.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 7.

    Thompson LS, Webb JS, Rice SA, Kjelleberg S: Альтернативный сигма-фактор RpoN регулирует ген зондирования кворума rhlI в Pseudomonas aeruginosa .FEMS Microbiol Lett. 2003, 220 (2): 187-195. 10.1016 / S0378-1097 (03) 00097-1.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 8.

    Totten PA, Lara JC, Lory S: Продукт гена rpoN Pseudomonas aeruginosa необходим для экспрессии различных генов, включая ген флагеллина. J Bacteriol. 1990, 172 (1): 389-396.

    PubMed Central
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 9.

    Gautam US, Jajoo A, Singh A, Chakrabartty PK, Das SK: Характеристика мутанта rpoN Mesorhizobium ciceri . J Appl Microbiol. 2007, 103 (5): 1798-1807. 10.1111 / j.1365-2672.2007.03432.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 10.

    Али NO, Bignon J, Rapoport G, Debarbouille M: ​​Регулирование катаболического пути ацетоина контролируется сигмой L в Bacillus subtilis .J Bacteriol. 2001, 183 (8): 2497-2504. 10.1128 / JB.183.8.2497-2504.2001.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 11.

    Arous S, Buchrieser C, Folio P, Glaser P, Namane A, Hebraud M, Hechard Y: Глобальный анализ экспрессии генов в мутанте rpoN Listeria monocytogenes . Микробиология. 2004, 150 (Pt 5): 1581-1590. 10.1099 / mic.0.26860-0.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 12.

    Debarbouille M, Martin-Verstraete I, Kunst F, Rapoport G: Ген Bacillus subtilis sigL кодирует эквивалент сигма 54 из грамотрицательных бактерий. Proc Natl Acad Sci USA. 1991, 88 (20): 9092-9096. 10.1073 / pnas.88.20.9092.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 13.

    Martin I, Debarbouille M, Klier A, Rapoport G: Индукция и регуляция метаболитов синтеза леваназы в Bacillus subtilis .J Bacteriol. 1989, 171 (4): 1885-1892.

    PubMed Central
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 14.

    Лавли Д.Р., Махадеван Р., Невин К. Подход системной биологии к биоремедиации с внеклеточным переносом электронов. Микробная биодеградация — геномика и молекулярная биология. Отредактировано: Диаз Э. 2008, Норфолк, Великобритания: Caister Academic Press

    Google Scholar

  • 15.

    Ловли Д.Р .: Сок насекомых: сбор электроэнергии с помощью микроорганизмов.Nat Rev Microbiol. 2006, 4 (7): 497-508. 10.1038 / nrmicro1442.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 16.

    Махадеван Р., Бонд Д. Р., Батлер Дж. Э., Эстев-Нуньес А., Коппи М. В., Палссон Б. О., Шиллинг С. К., Ловли Д. Р.: Характеристика метаболизма в организме, восстанавливающем Fe (III). моделирование на основе. Appl Environ Microbiol. 2006, 72 (2): 1558-1568. 10.1128 / AEM.72.2.1558-1568.2006.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 17.

    Прекрасный Д.Р., Невин К. Производство электроэнергии с помощью электрогенераторов. Биоэнергетика. Под редакцией: Wall JD. 2008, Вашингтон, округ Колумбия: ASM Press, 295-306.

    Глава

    Google Scholar

  • 18.

    Крушкал Дж., Ян Б., ДиДонато Л.Н., Пульджич М., Невин К.П., Вудард Т.Л., Адкинс Р.М., Мете Б.А., Ловли Д.Р.: Профилирование экспрессии в масштабе всего генома в Geobacter surreducens : идентификация транскрипции Fur и RpoS. регулирующие сайты в отн. Gsu
    мутант.Функциональная и интегративная геномика. 2007, 7 (3): 229-255. 10.1007 / s10142-007-0048-5.

    Артикул
    CAS

    Google Scholar

  • 19.

    Ян Б., Ловли Д.Р., Крушкал Дж .: Поиск сходства по всему геному для факторов транскрипции и их сайтов связывания в прокариотах, восстанавливающих металл. Биосистемы. 2007, 90 (2): 421-441. 10.1016 / j.biosystems.2006.10.006.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 20.

    Yan B, Nunez C, Ueki T, Esteve-Nunez A, Puljic M, Adkins RM, Methe BA, Lovley DR, Krushkal J: Расчетное прогнозирование регуляторных сайтов RpoS и RpoD в Geobacter sulfurereducens с использованием информации о последовательности и экспрессии генов. Ген. 2006, 384: 73-95. 10.1016 / j.gene.2006.06.025.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 21.

    Ян Б., Мете Б.А., Ловли Д.Р., Крушкал Дж .: Вычислительное прогнозирование консервативных оперонов и филогенетический отпечаток регуляторных элементов транскрипции в семействе бактерий, снижающих металл, Geobacteraceae .J Theor Biol. 2004, 230 (1): 133-144. 10.1016 / j.jtbi.2004.04.022.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 22.

    Нуньес С., Адамс Л., Чайлдерс С., Ловли Д.Р.: Сигма-фактор RpoS в диссимиляционной Fe (III) -редукторной бактерии Geobacter sulfurereducens . J Bacteriol. 2004, 186 (16): 5543-5546. 10.1128 / JB.186.16.5543-5546.2004.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 23.

    Nunez C, Esteve-Nunez A, Giometti C, Tollaksen S, Khare T., Lin W, Lovley DR, Methe BA: ДНК-микрочип и протеомные анализы регулона RpoS в Geobacter surreducens . J Bacteriol. 2006, 188 (8): 2792-2800. 10.1128 / JB.188.8.2792-2800.2006.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 24.

    Уэки Т., Ловли Д.Р.: Сигма-фактор теплового шока RpoH из Geobacter surreducens .Микробиология. 2007, 153 (Pt 3): 838-846. 10.1099 / mic.0.2006 / 000638-0.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 25.

    Меррик MJ: В своем собственном классе — сигма-фактор РНК-полимеразы сигма 54 (сигма N). Mol Microbiol. 1993, 10 (5): 903-909. 10.1111 / j.1365-2958.1993.tb00961.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 26.

    Merrick MJ, Gibbins JR: Нуклеотидная последовательность гена регуляции азота ntrA из Klebsiella pneumoniae и сравнение с консервативными характеристиками в сигма-факторах бактериальной РНК-полимеразы.Nucleic Acids Res. 1985, 13 (21): 7607-7620. 10.1093 / nar / 13.21.7607.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 27.

    Studholme DJ, Buck M, Nixon T: Идентификация потенциальных сигма N -зависимых промоторов в бактериальных геномах. Микробиология. 2000, 146 (Pt 12): 3021-3023.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 28.

    Boucher JC, Schurr MJ, Deretic V: двойная регуляция мукоидии в Pseudomonas aeruginosa и антагонизм сигма-фактора. Mol Microbiol. 2000, 36 (2): 341-351. 10.1046 / j.1365-2958.2000.01846.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 29.

    Регуэра Г., Маккарти К.Д., Мехта Т., Николл Дж. С., Туоминен М. Т., Ловли Д. Р.: Внеклеточный перенос электронов через микробные нанопроволоки. Природа. 2005, 435 (7045): 1098-1101.10.1038 / природа03661.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 30.

    Хуарес К., Ким BC, Невин К., Ольвера Л., Регуэра Г., Ловли Д.Р., Мете Б.А.: PilR, транскрипционный регулятор пилина и других генов, необходимых для восстановления Fe (III) в Geobacter surreducens . J Mol Microbiol Biotechnol. 2009, 16 (3-4): 146-158.

    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 31.

    Регуэра Г., Поллина Р. Б., Николл Дж. С., Ловли Д. Р.: Возможная непроводящая роль Geobacter surreducens Пилусные нанопроволоки в образовании биопленок. J Bacteriol. 2007, 189 (5): 2125-2127. 10.1128 / JB.01284-06.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 32.

    Butler JE, Glaven RH, Esteve-Nunez A, Nunez C., Shelobolina ES, Bond DR, Lovley DR: Генетическая характеристика единственного бифункционального фермента для восстановления фумарата и окисления сукцината в Geobacter surreducens и инженерии сокращение фумарата в Geobacter Metallireducens .J Bacteriol. 2006, 188 (2): 450-455. 10.1128 / JB.188.2.450-455.2006.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 33.

    Janausch IG, Zientz E, Tran QH, Kroger A, Unden G: C 4 -дикарбоксилатные носители и сенсоры в бактериях. Biochim Biophys Acta. 2002, 1553 (1-2): 39-56.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 34.

    Меррик М.Дж., Эдвардс Р.А.: Контроль азота в бактериях. Microbiol Rev.1995, 59 (4): 604-622.

    PubMed Central
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 35.

    Helling RB: Почему у Escherichia coli есть два основных пути синтеза глутамата ?. J Bacteriol. 1994, 176 (15): 4664-4668.

    PubMed Central
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 36.

    Reitzer L: Ассимиляция азота и глобальное регулирование в Escherichia coli . Annu Rev Microbiol. 2003, 57: 155-176. 10.1146 / annurev.micro.57.030502.0

  • .

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 37.

    Бендер Р.А.: Роль белка NAC в регуляции азота Klebsiella aerogenes . Mol Microbiol. 1991, 5 (11): 2575-2580. 10.1111 / j.1365-2958.1991.tb01965.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 38.

    Bormann ER, Eikmanns BJ, Sahm H: Молекулярный анализ гена Corynebacterium glutamicum gdh, кодирующего глутаматдегидрогеназу. Mol Microbiol. 1992, 6 (3): 317-326. 10.1111 / j.1365-2958.1992.tb01474.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 39.

    Ди Фрайя Р., Уилке В., Чиардиелло М.А., Карратор В., Антигнани А., Камарделла Л., Глансдорф Н., Ди Приско G: НАДФ + -зависимая глутаматдегидрогеназа в антарктической психротолерантной бактерии Psychrobacter Psychrobacter.ТАД1. Характеристика, последовательность белков и ДНК, а также связь с другими глутаматдегидрогеназами. Eur J Biochem. 2000, 267 (1): 121-131. 10.1046 / j.1432-1327.2000.00972.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 40.

    Hashim S, Kwon DH, Abdelal A, Lu CD: регуляторный белок аргинина опосредует репрессию аргинином оперонов, кодирующих глутаматсинтазу и анаболическую глутаматдегидрогеназу в Pseudomonas aeruginosa .J Bacteriol. 2004, 186 (12): 3848-3854. 10.1128 / JB.186.12.3848-3854.2004.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 41.

    Kloosterman TG, Hendriksen WT, Bijlsma JJ, Bootsma HJ, van Hijum SA, Kok J, Hermans PW, Kuipers OP: Регулирование метаболизма глутамина и глутамата с помощью GlnR и GlnA в Streptococcus pneumoniae . J Biol Chem. 2006, 281 (35): 25097-25109. 10.1074 / jbc.M601661200.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 42.

    Pagliarulo C, Salvatore P, De Vitis LR, Colicchio R, Monaco C, Tredici M, Tala A, Bardaro M, Lavitola A, Bruni CB и др.: Регулирование и дифференциальная экспрессия gdhA, кодирующего НАДФ-специфическую глутаматдегидрогеназу в Neisseria meningitidis клинических изолятов. Mol Microbiol. 2004, 51 (6): 1757-1772. 10.1111 / j.1365-2958.2003.03947.x.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 43.

    Ловли Д.Р., Холмс Д.Е., Невин К.П.: диссимиляционное восстановление Fe (III) и Mn (IV).Adv Microb Physiol. 2004, 49: 219-286. 10.1016 / S0065-2911 (04) 49005-5.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 44.

    Anderson RT, Vrionis HA, Ortiz-Bernad I, Resch CT, Long PE, Dayvault R, Karp K, Marutzky S, Metzler DR, Peacock A, et al: Стимулирование активности in situ Geobacter для удаления урана из грунтовых вод загрязненного ураном водоносного горизонта. Appl Environ Microbiol. 2003, 69 (10): 5884-5891.10.1128 / AEM.69.10.5884-5891.2003.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 45.

    Сегура Д., Махадеван Р., Хуарес К., Ловли Д.Р.: Вычислительный и экспериментальный анализ избыточности в центральном метаболизме Geobacter surreducens. Вычислительная биология PLoS. 2008, 4 (2): e36-10.1371 / journal.pcbi.0040036.

    PubMed Central
    Статья
    PubMed

    Google Scholar

  • 46.

    Leang C, Coppi MV, Lovley DR: OmcB, полигемный цитохром типа c , участвующий в восстановлении Fe (III) в Geobacter surreducens . J Bacteriol. 2003, 185 (7): 2096-2103. 10.1128 / JB.185.7.2096-2103.2003.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 47.

    Childers SE, Ciufo S, Lovley DR: Geobacter Metallireducens получает доступ к нерастворимому оксиду Fe (III) посредством хемотаксиса.Природа. 2002, 416 (6882): 767-769. 10.1038 / 416767a.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 48.

    McCarter LL: Регулирование жгутиков. Curr Opin Microbiol. 2006, 9 (2): 180-186. 10.1016 / j.mib.2006.02.001.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 49.

    Soutourina OA, Bertin PN: Каскад регуляции экспрессии жгутиков у грамотрицательных бактерий.FEMS Microbiol Rev.2003, 27 (4): 505-523. 10.1016 / S0168-6445 (03) 00064-0.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 50.

    Kazmierczak MJ, Wiedmann M, Boor KJ: Альтернативные сигма-факторы и их роль в бактериальной вирулентности. Microbiol Mol Biol Rev.2005, 69 (4): 527-543. 10.1128 / MMBR.69.4.527-543.2005.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 51.

    Reguera G, Nevin KP, Nicoll JS, Covalla SF, Woodard TL, Lovley DR: Производство биопленки и нанопроволоки приводит к увеличению тока в топливных элементах Geobacter surreducens . Appl Environ Microbiol. 2006, 72 (11): 7345-7348. 10.1128 / AEM.01444-06.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 52.

    Брун Ю.В., Шапиро Л.: Для полярного морфогенеза и нормального деления клеток у Caulobacter требуется контролируемый по времени сигма-фактор.Genes Dev. 1992, 6 (12A): 2395-2408. 10.1101 / gad.6.12a.2395.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 53.

    Powell BS, Court DL, Inada T, Nakamura Y, Michotey V, Cui X, Reizer A, Saier MH, Reizer J: Новые белки фосфотрансферазной системы, закодированные в опероне rpoN из Escherichia coli . Фермент IIANtr влияет на рост органического азота и условную летальность мутанта ареста.J Biol Chem. 1995, 270 (9): 4822-4839. 10.1074 / jbc.270.9.4822.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 54.

    Keseler IM, Kaiser D: sigma (54), жизненно важный белок для Myxococcus xanthus . Proc Natl Acad Sci USA. 1997, 94 (5): 1979-1984. 10.1073 / пнас.94.5.1979.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 55.

    Karlin S, Brocchieri L, Mrazek J, Kaiser D: Отличительные особенности геномов дельта -протеобактерий.Proc Natl Acad Sci USA. 2006, 103 (30): 11352-11357. 10.1073 / pnas.0604311103.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 56.

    Bernardo LM, Johansson LU, Solera D, Skarfstad E, Shingler V: алармон гуанозинтетрафосфата (ppGpp), DksA и сродство промотора к РНК-полимеразе в регуляции сигма-зависимой транскрипции. Mol Microbiol. 2006, 60 (3): 749-764. 10.1111 / j.1365-2958.2006.05129.Икс.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 57.

    Szalewska-Palasz A, Johansson LU, Bernardo LM, Skarfstad E, Stec E, Brannstrom K, Shingler V: Свойства мутантов обхода РНК-полимеразы: значение для роли ppGpp и его кофактора DksA в контроле транскрипция зависит от sigma54. J Biol Chem. 2007, 282 (25): 18046-18056. 10.1074 / jbc.M610181200.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 58.

    Yanisch-Perron C, Vieira J, Messing J: Улучшенные векторы для клонирования фага M13 и штаммы-хозяева: нуклеотидные последовательности векторов M13mp18 и pUC19. Ген. 1985, 33 (1): 103-119. 10.1016 / 0378-1119 (85) -9.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 59.

    Грант С.Г., Джесси Дж., Блум FR, Ханахан Д.: Дифференциальное высвобождение плазмиды из ДНК трансгенных мышей в мутанты Escherichia coli с ограничением метилирования и рестрикции.Proc Natl Acad Sci USA. 1990, 87 (12): 4645-4649. 10.1073 / pnas.87.12.4645.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 60.

    Caccavo F, Lonergan DJ, Lovley DR, Davis M, Stolz JF, McInerney MJ: Geobacter surreducens sp. nov., окисляющий водород и ацетат диссимиляторный металл-восстанавливающий микроорганизм. Appl Environ Microbiol. 1994, 60 (10): 3752-3759.

    PubMed Central
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 61.

    Коппи М.В., Лианг С., Сандлер С.Дж., Ловли Д.Р.: Разработка генетической системы для Geobacter Surreducens . Appl Environ Microbiol. 2001, 67 (7): 3180-3187. 10.1128 / AEM.67.7.3180-3187.2001.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 62.

    Коппи М.В., О’Нил Р.А., Ловли Д.Р.: Идентификация гидрогеназы поглощения, необходимой для водородзависимого восстановления Fe (III) и других акцепторов электронов, с помощью Geobacter surreducens .J Bacteriol. 2004, 186 (10): 3022-3028. 10.1128 / JB.186.10.3022-3028.2004.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 63.

    Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T: Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 1989, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор Пресс ;, 2

    Google Scholar

  • 64.

    Lloyd JR, Leang C, Hodges Myerson AL, Coppi MV, Cuifo S, Methe B, Sandler SJ, Lovley DR: Биохимическая и генетическая характеристика PpcA, периплазматического цитохрома типа c в Geobacter surreducens .Biochem J. 2003, 369 (Pt 1): 153-161. 10.1042 / BJ20020597.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 65.

    Murphy KC, Campellone KG, Poteete AR: ПЦР-опосредованная замена гена в Escherichia coli . Ген. 2000, 246 (1-2): 321-330. 10.1016 / S0378-1119 (00) 00071-8.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 66.

    Батлер Дж. Э., Кауфманн Ф., Коппи М. В., Нуньес С., Ловли Д. Р.: MacA, цитохром типа дигема c , участвующий в восстановлении Fe (III) под действием Geobacter surreducens .J Bacteriol. 2004, 186 (12): 4042-4045. 10.1128 / JB.186.12.4042-4045.2004.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 67.

    Marx CJ, Lidstrom ME: Разработка улучшенных универсальных векторов с широким кругом хозяев для использования у метилотрофов и других грамотрицательных бактерий. Микробиология. 2001, 147 (Pt 8): 2065-2075.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 68.

    Дехио М., Кнорре А., Ланц С., Дехио С. Конструирование универсальных векторов экспрессии высокого уровня для Bartonella henselae и использование зеленого флуоресцентного белка в качестве нового маркера экспрессии. Ген. 1998, 215 (2): 223-229. 10.1016 / S0378-1119 (98) 00319-9.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 69.

    Баркли М.Д., Буржуа С: Распознавание репрессором оператора и эффекторов. Оперон. Под редакцией: Miller JH, Reznikoff WS.1978, Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор, 177-220.

    Google Scholar

  • 70.

    Postier B, Didonato R, Nevin KP, Liu A, Frank B, Lovley D, Methe BA: Преимущества синтезированных in-situ микрочипов для анализа экспрессии генов у недостаточно изученных микроорганизмов. J Microbiol Methods. 2008, 74 (1): 26-32. 10.1016 / j.mimet.2007.07.004.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 71.

    Smyth GK: Линейные модели и эмпирические байесовские методы для оценки дифференциальной экспрессии в экспериментах с микрочипами. Статистические приложения в генетике и молекулярной биологии. 2004, 3:

    Google Scholar

  • 72.

    Бенджамини Y, Хохберг Y: Контроль уровня ложного обнаружения — практический и мощный подход к множественному тестированию. Журнал Королевского статистического общества Серия B-Methodological. 1995, 57 (1): 289-300.

    Google Scholar

  • 73.

    Жарких А.А., Ржецкий А., Моросов П.С., Ситникова Т.Л., Крушкал Ю.С.: ВОСТОРГ: пакет микрокомпьютерных программ для анализа последовательностей и построения филогенетических деревьев. Ген. 1991, 101 (2): 251-254. 10.1016 / 0378-1119 (91) -С.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 74.

    Crooks GE, Hon G, Chandonia JM, Brenner SE: WebLogo: генератор последовательного логотипа. Геномные исследования. 2004, 14 (6): 1188-1190. 10.1101 / гр.849004.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 75.

    Эдвардс Дж. С., Палссон Б. О.: Анализ баланса метаболического потока и анализ in silico делеций гена K-12 Escherichia coli. Биоинформатика BMC. 2000, 1: 1-10.1186 / 1471-2105-1-1.

    PubMed Central
    Статья
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 76.

    Харлоу Е., Дорожка D: Антитела: лабораторное руководство.1988, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор

    Google Scholar

  • 77.

    Smith PK, Krohn RI, Hermanson GT, Mallia AK, Gartner FH, Provenzano MD, Fujimoto EK, Goeke NM, Olson BJ, Klenk DC: измерение белка с использованием бицинхониновой кислоты. Анальная биохимия. 1985, 150 (1): 76-85. 10.1016 / 0003-2697 (85) -7.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 78.

    Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K, eds: Current Протоколы в молекулярной биологии.1999, Нью-Йорк: John Wiley & Sons, Inc.

  • 79.

    Lovley DR, Phillips EJP: Новый способ микробного энергетического метаболизма: окисление органического углерода в сочетании с диссимиляционным восстановлением железа или марганца. Appl Environ Microbiol. 1988, 54 (6): 1472-1480.

    PubMed Central
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • 80.

    Ловли Д.Р., Филипс Э.Дж .: Минерализация органических веществ с восстановлением трехвалентного железа в анаэробных отложениях.Appl Environ Microbiol. 1986, 51: 683-689.

    PubMed Central
    CAS
    PubMed

    Google Scholar

  • Драйверы и сайты разнообразия в ДНК-метиломах аденина 93 клинических изолятов комплекса Mycobacterium tuberculosis

    Резюме:

    В этой рукописи авторы использовали секвенирование PacBio для проведения метиломных анализов 93 изолятов M. tuberculosis на основе SMRT-seq. Это исследование интересно и важно, поскольку оно дает подробное описание метилирования ДНК M.tuberculosis, связанные с наличием или отсутствием определенных МТаз.

    Однако рецензенты согласились с тем, что необходимо решить ряд проблем.

    Мы благодарим рецензентов за их понимание, внимание к деталям и хорошо сформулированные отзывы. Изменения для внесения исправлений рассматриваются ниже по пунктам, но для решения этих общих проблем мы внесли следующие изменения в редакцию нашей рукописи:

    В частности, (1) аргументы авторов относительно роли паттернов метилирования в физиологии и адаптации слишком сильны и не подтверждаются данными в этой рукописи,

    Мы принимаем это мнение и внесли соответствующие изменения как в формулировку ключевых предложений, так и в объем рукописи.Мы признаем, что наши дискуссии о роли, которую модели метилирования играют в физиологии и адаптации, в первую очередь являются предположениями и гипотезами. Мы заменили большую часть этого спекулятивного обсуждения и анализа, генерирующего гипотезы, более описательным текстом и сократили спекулятивное обсуждение, чтобы уменьшить его долю в объеме рукописи. Соответствующие изменения перечислены в нашем ответе на Essential revision # 2.

    Однако мы действительно представляем данные относительно организации метилирования по отношению к установленным регуляторным элементам.Хотя такое расположение не подтверждает какой-либо физиологический эффект этих паттернов метилирования, оно предлагает гипотезу для дальнейших экспериментов. Таким образом, хотя мы значительно сократили спекулятивные части, мы сохранили сокращенное представление (раздел обсуждения) физиологических процессов и адаптивных механизмов, которые наша интеграция метиломов аденина ДНК с аннотированными полными сборками поддерживает как возможности, ранее не описанные в литературе. На протяжении всей пересмотренной рукописи мы обязательно ссылаемся на данные, подтверждающие основную предпосылку гипотез / предположений, и проводим четкое различие между гипотезами, предположениями и утверждениями, подкрепленными данными, представленными в этой рукописи.

    (2) детали анализа метилирования не были четко описаны достаточно подробно,

    Мы существенно расширили методы, описывающие, как мы проводили анализ метилирования. Конкретные изменения перечислены в нашем ответе на Essential revision # 1.

    и (3) обнаружение «мозаики» само по себе не ново или ново, и это требует признания и решения. Сюжет документа необходимо существенно изменить, чтобы он был более описательным и основанным на данных (а не на предположениях).Рукопись также должна быть отредактирована, чтобы она была более ясной и лаконичной для читателя.

    Мы ценим эту перспективу и вклад, так как мы также боролись с тем, как определить объем этой рукописи во время ее разработки. Поразмыслив, мы согласны с тем, что отредактированная рукопись должна быть более описательной и менее основанной на предположениях. Мы внесли изменения по всей рукописи в этом духе, что отражено в нашей редакции названия рукописи: «Движущие силы и места разнообразия в метиломах аденина ДНК 93 сложных клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis ».С этим заголовком мы уменьшаем внимание к обнаружению метилирования межклеточной мозаики и влиянию фенотипа или адаптивности, расширяя тему заголовка до других открытий, подкрепленных данными, представленными в рукописи. А именно это:

    1) Факторы, продемонстрированные (генотип МТазы) и задействованные (факторы транскрипции) по нашим данным и анализу, влияют на гетерогенность метиломов аденина ДНК внутри и между изолятами.

    2) Сайты в геноме, где метилирование аденина ДНК варьируется в зависимости от изолята и / или внутри изолята (сайты гипометилированных и гипервариабельных мотивов).

    В соответствии с просьбой рецензентов сосредоточить внимание на результатах, полученных на основе данных, представленных в рукописи, изменение названия теперь также относится только к явлению, наблюдаемому у изолятов, проанализированных в этом исследовании, а не к обобщению на уровне видов. . Наша сюжетная линия и организация рукописи также изменились соответственно (см. Ответы на Essential revision # 6 для конкретных изменений).

    Однако мы полагаем, что хотя о внутриклеточном стохастическом метилировании сообщалось ранее, его проявление в клетках официально не описано.И хотя некоторые виды были охарактеризованы множественными фазовыми вариабельными МТазами, которые посредством независимой вариации создают многочисленные потенциальные комбинации МТаз и результирующие паттерны метилирования, мы полагаем, что разнообразие паттернов метилирования, обеспечиваемых IMM, как мы описываем в рукописи, остается различным. Наиболее важным отличием является то, что IMM создает разнообразие паттернов метилирования, которые логарифмически масштабируются с количеством сайтов метилирования, на которые нацелены мозаики МТазы, тогда как ранее описанные системы множественных фазовых переменных МТаз масштабируются логарифмически с числом фаз . переменные MTases. Количество сайтов, по крайней мере, на порядок больше, чем количество фазовых МТаз, и, таким образом, создает гораздо больше потенциальных состояний метилома.

    Тем не менее, мы полностью согласны с тем, что мозаичная природа была описана в метиломах аденина ДНК других прокариот, что требует подтверждения и обсуждения в нашей рукописи. Мы добавили такое обсуждение (раздел «Обсуждение») мозаичного построения других прокариотических метиломов. Мы также включили рисунок (рис. 9, раздел «Обсуждение»), который ясно показывает, где наша характеристика метилирования межклеточной мозаики, связанная с нашими данными, отличается от этих предыдущих описаний.

    Существенных изменений:

    1) Добавьте подробные описания методов для анализируемых частей рукописи.

    Мы благодарим рецензентов за указание на то, что методы, лежащие в основе некоторых частей анализа, могут быть описаны более подробно. Мы обновили методы для следующих разделов и номеров строк:

    Подраздел «Определение происхождения» теперь включает краткое описание действий и функций MiruHero.

    Подраздел «Аннотации генома» теперь включает краткое описание входов, выходов и функций Rapid Annotation Transfer Tool.В разделе также теперь есть ссылка на нашу аннотацию референсного генома h47Rv.

    Подраздел «Построение филогении и картирование генотипов МТазы», ​​теперь озаглавленный «Филогенетический анализ», теперь разъясняет, как генотипы МТазы каждого изолята вводились в iTol для визуализации наших филогенетических деревьев.

    Подраздел «Анализ кинетики секвенирования» и подраздел «Выявление аномалий метилирования» расширены в разделы «Определение длительности между импульсами сайтов мотива МТазы», ​​«Характеристика активности МТазы генотипов МТаз» и «Идентификация локусов гипервариабельных мотивов МТаз. »С дополнительными деталями.

    Подраздел «Метиломная аннотация», теперь называемый «Назначение локуса мотива MTase», теперь содержит подробное описание информации, содержащейся в назначенных тегах локуса MTase, и более подробную информацию о том, как эти теги были назначены.

    Подраздел «Характеристика профиля кинетической ошибки в технических репликах» теперь определяет используемый статистический тест.

    Подраздел «Идентификация промоторов» теперь содержит более подробную информацию о файлах и критериях, используемых для идентификации вероятных промоторов генов.

    Подраздел «Поиск сайта проксимального мотива» теперь включает пороговое нуклеотидное расстояние и другие критерии, используемые для классификации сайтов мотива МТазы, которые были соседними.

    Подраздел «Анализ RNA-Seq» теперь поясняет, как были объединены наборы данных.

    2) Физиологические последствия контроля экспрессии микобактериальных генов с помощью метилирования ДНК еще предстоит идентифицировать. Таким образом, преимущества фенотипической гетерогенности остаются гипотетическими. Это предостережение следует подчеркивать на протяжении всей рукописи.В качестве подтверждения авторы могли бы сослаться на статьи по теории игр, указывающие на то, что фенотипическая гетерогенность может быть адаптивной стратегией в бактериальных популяциях. Вот несколько примеров (среди прочего):

    Вольф, Вазирани и Аркин, 2005.

    Фичичи и Поллак, 2007.

    Lambert and Kussell, 2014.

    .

    Мы согласны с рецензентами в том, что это предостережение важно прояснить. Теперь мы добавили параграф в раздел «Обсуждение», в котором четко изложено это предостережение и обсуждаются последствия.Мы также изменили большую часть умозрительного контента на описательный и теперь формулируем потенциальные регуляторные взаимодействия, которые мы определили как ресурс для генерации гипотез, заменив ранее спекулятивный текст. Мы процитировали одну из статей, о которых вы нас предупредили, в поддержку идеи о том, что фенотипическая гетерогенность может способствовать выживанию.

    3) Результаты в подразделе «Профили активности ДНК-метилтрансферазы зависят от различных мутаций». Интерпретация того, что промежуточные отношения IPD обусловлены гетерогенным метилированием, выглядит разумной.Однако гетерогенное метилирование естественным образом обнаруживается в пакетных культурах во время репликации ДНК, если бактериальная культура не синхронизирована, что, очевидно, здесь не так. Поскольку образование гемиметилированных сайтов происходит в разных регионах у отдельных бактерий, паттерны гемиметилирования ДНК варьируются от клетки к клетке. Это может внести шум в SMRT-секвенирование, и в этом исследовании это может привести к переоценке гетерогенности межклеточного метилирования ДНК. Риск шума, связанного с гемиметилированием, снижается в неделящихся клетках.Стадия роста культуры, используемой для SMRT-секвенирования, в рукописи не указана (авторы цитируют Elghraoui, Modlin and Valafar, 2017, в которой не приводится подробностей). Если использовались неделящиеся клетки, это должно быть четко указано. В противном случае доказательства стохастического метилирования ДНК были бы менее убедительными.

    Мы благодарим рецензентов за указание на эту альтернативную причину гетерогенного метилирования. Наш раздел результатов теперь рассматривает временное гемиметилирование как потенциальную причину гетерогенного метилирования в дополнение к фазовой вариантной активности МТазы и внутриклеточного стохастического метилирования.Наши изоляты были секвенированы после достижения стационарной фазы, что теперь указано в нашем подразделе «Подготовка и экстракция образцов». Хотя все еще вероятно, что субпопуляция клеток подвергалась или недавно подверглась клеточному делению во время экстракции ДНК, мы полагаем, что результаты нашего анализа уровня чтения с SMALR исключают временное гемиметилирование как первичную причину наблюдаемой гетерогенности. Метод SMP SMALR вычисляет собственное значение IPD для каждого секвенирования, считанного в изоляте, путем усреднения значений IPD по нескольким целевым сайтам в считывании, совпадающем с указанным мотивом.Это позволяет различать полностью метилированные чтения, полностью неметилированные чтения и чтения со смесью метилированных и неметилированных сайтов. Гемиметилирование, скорее всего, приведет к смеси полностью метилированных и полностью неметилированных считываний (или смеси полностью метилированных и частично метилированных считываний, если МТаза выполняет дистрибутивное, а не процессивное метилирование). Авторы SMALR действительно наблюдали, что небольшая часть (0,07%) считываний секвенирования была полностью неметилирована в культурах бактериальных штаммов с полностью активными аллелями МТазы, и приписали это временному гемиметилированию.Гетерогенность, которую мы наблюдали в изолятах вариантов mamA E270A и mamA G152S , не соответствовала этому временному гемиметилированию. Их распределение значений нативного IPD соответствовало тому, что большинство считываний было частично метилировано (с только частью метилированных сайтов при каждом считывании), а не смесью полностью метилированных и неметилированных считываний. Кроме того, если гетерогенное метилирование было только результатом гемиметилирования во время культивирования, оно не было бы исключительным для конкретных генотипов МТазы.

    4) Подраздел результатов «Окклюзия фактора транскрипции объясняет большинство гипометилированных сайтов» и далее. Утверждение, что окклюзия фактора транскрипции объясняет большинство гипометилированных сайтов, следует смягчить. Представленные данные основаны только на биоинформатическом анализе. Для доказательства связывания фактора транскрипции требуются биохимические доказательства (например, анализ сдвига геля или отпечаток ДНК). Без доказательств такого рода предсказания связывания ДНК факторами транскрипции являются спекулятивными.

    Подраздел «Окклюзия фактора транскрипции объясняет большинство гипометилированных сайтов» теперь называется «Контекст последовательности большинства гипометилированных сайтов согласуется с окклюзией фактора транскрипции». В разделе теперь проясняется, что связывание фактора транскрипции с этими сайтами гипометилированных мотивов МТазы не подтверждено.

    5) Раздел обсуждения. Gries et al. (2010) и Saecker et al. (2002) — неправильные цитаты, не подходящие для подтверждения утверждения о том, что метилирование ДНК изменяет биофизические свойства, которые регулируют силу промотора.В этих статьях не упоминается метилирование ДНК. Работы, посвященные влиянию метилирования аденина ДНК на структуру ДНК, включают Diekmann (1987), Polaczek et al. (1998) и Kimura et al. (1989).

    Мы благодарим рецензентов за выявление этой оплошности и за предоставление полезных ссылок, относящихся к неподдерживаемым элементам нашего предложения. Мы добавили более подходящую ссылку.

    6) Чтобы улучшить рукопись, чтобы лучше передать ясное сообщение, реорганизуйте и исправьте, чтобы выделить мутанты МТазы и их влияние на метилирование:

    a) Генотипирование МТаз из WGS и их активность на основе анализа на основе соотношений IPD; а также их демонстрация среди населения, т.е. филогенетическое дерево;

    b) Гетерогенность метилирования на основе МТаз из анализа на основе значений нативных IPD, предлагая переместить Рисунок 3E, 3F и 3G (h47Rv-metA, менее важный) в дополнительный, а Рисунок 3 — добавление к рисунку 1 (MamB) обратно в Рисунок 3 с упоминанием HsdM в тексте;

    c) Сравнительная метиломика на основе МТаз для гипервариабельных сайтов и гипометилированных сайтов и их потенциальная ассоциация с факторами транскрипции;

    d) Сравнительная метиломика на основе МТаз для промоторов и SFBS, включая повторный анализ RNAseq.

    Мы благодарим рецензентов за предложение этой обновленной организации прояснить смысл нашей рукописи. Мы частично приняли предложенную организацию и удалили некоторые разделы, которые не попали ни в одну из A – D. Мы согласны с тем, что акцент на мутантах МТазы вносит ясность в A и B, и скорректировали текст, чтобы более четко отразить это. C и D, однако, идентифицируют сайты метиломной вариации, которые либо не зависят от генотипа (организация мотивов МТазы относительно промоторов), либо стратифицируются по уровню активности МТазы (которая может включать несколько генотипов МТазы), а не генотипа МТазы ( идентификация гипометилированных и гипервариабельных сайтов).Таким образом, мы не организовали C и D в соответствии с генотипом МТазы.

    7) Использование нокдауна (KD) и нокаута (KO) обычно используется для изменения количества гена / белка или уровня экспрессии. Для авторов может быть более подходящим использовать мутанты с высокой (WT), низкой (KD) и in- (KO) активностью для вызванных мутациями изменений активности МТазы.

    Все случаи «сбит» заменены на «частично активны». Все случаи «нокаута» были заменены на «неактивные», за исключением случаев, когда речь идет о предыдущих экспериментах по мутагенезу на hsdM и m etA .Некоторые употребления слова «дикий тип» были заменены на «полностью активный». Другие варианты использования «дикого типа» были сохранены, чтобы отличать их от вариантов, которые не вызывают снижения активности МТазы (например, mamA : A34V).

    8) Эпигенетический мозаицизм в некоторой степени связан с активностью МТазы, высокой или низкой, а активность МТазы определенно связана с генетической мутацией или генотипом. Таким образом, фраза «без генетической мутации» в названии и во всей рукописи не является точной, и ее следует смягчить.

    Название изменено, чтобы убрать сбивающую с толку фразу «без генетической мутации». Другие варианты использования этой фразы также были удалены из рукописи.

    9) Подраздел результатов «Вирулентный штамм M. tuberculosis типа h47Rv плохо представляет метиломы недавних клинических изолятов»: в то время как h47Rv был признан плохим эталоном для метилома, должен был быть предложен / использован лучший из собранных / проанализированных. Пожалуйста, укажите ссылку, если она используется.

    Мы благодарим рецензентов за это внимание. Поразмыслив, мы пришли к выводу, что включение этого раздела сбивает с толку, и удалили его. Наш анализ не полагался на эталонный метилом, вместо этого сравнивая уровни метилирования у изолятов в общих гомологичных сайтах. Идентификация общих гомологичных сайтов для перекрестных сравнений изолятов теперь описана более подробно в подразделе «Присвоение локусов мотива МТазы».

    10) Поскольку для филогенетического дерева рассматривался только анализ SNP, в разделе «Обсуждение» следует упомянуть влияние вставки / удаления для анализа метилома и метиломики.

    Мы благодарим рецензентов за то, что они предупредили нас об отсутствии ясности в отношении методов генотипирования МТазы и того, как в нашем анализе использовалось филогенетическое дерево. Наше генотипирование МТазой не использовало филогенетическое дерево и позволило обнаружить инделки, такие как вставка IS6110 в mamB . Наши методы генотипирования описаны в разделе «Генотипирование МТазы». Подраздел «Построение филогении и картирование генотипов МТазы» сформулирован нечетко и, возможно, вызвал путаницу.В этом подразделе, который теперь называется «Филогенетический анализ», разъясняется, как генотипы МТазы каждого изолята вводились в iTol для визуализации наших филогенетических деревьев.

    [Примечание редакции: до принятия были предложены дальнейшие изменения, как описано ниже.]

    Все рецензенты согласны с тем, что исправления усилили исходную историю, и ответы авторов рецензентам выглядят разумными. Что наиболее важно, проблемные данные и / или утверждения были либо уточнены, либо удалены в отредактированной рукописи.Есть несколько исправлений текста, которые авторы должны рассмотреть перед официальным принятием рукописи, как подробно описано здесь:

    Мы благодарим рецензентов за их отзывы и учли все приведенные ниже соображения.

    1) Имя HsdM не должно использоваться для сиротской ДНК-метилтрансферазы. Аббревиатура hsdM использовалась десятилетиями для обозначения субъединицы ДНК-метилтрансферазы систем рестрикции-модификации типа I (см., Например, Loenen et al., 2014).Я прекрасно понимаю, что авторы используют HsdM в соответствии с предыдущей литературой, и я осознаю, что изменение имени может вызвать сложности и путаницу. Несмотря на это неудобство, фермент следует переименовать, чтобы было ясно, что он не является субъединицей системы R-M. Как насчет переименования фермента в конце рукописи или ближе к ней со ссылкой на Loenen et al. Или любой другой обзор рестрикционных ферментов?

    Мы согласны с рекомендацией рецензента переименовать hsdM в и аналогичным образом рекомендовали переименовать ассоциированные гены в hsdS, и hsdS.1 , чтобы избежать ошибочного предположения, что они являются частью функциональной системы ограничения-модификации типа 1. Мы добавили параграф в конце обсуждения, предлагающий изменение названия и краткое объяснение его обоснования, а также ссылки на литературу, поддерживающую это изменение.

    2) Введение. Авторы пишут, что недавние исследования SMRT-секвенирования показали, что метилирование ДНК играет не только роль рестрикционной модификации. Это утверждение несправедливо по отношению к литературе.У γ-протеобактерий метилирование Dam, как известно, контролирует репликацию ДНК, репарацию ошибочного спаривания, активность транспозонов и регуляцию транскрипции с 1980-х годов, а роль в бактериальном патогенезе была описана в конце 1990-х. У α-протеобактерий контроль клеточного цикла с помощью метилирования CcrM был описан в 1990-х годах, а роль в патогенезе — в первые годы века. Пожалуйста, измените предложение. SMRT стал фантастическим прорывом, но не началом истории!

    Мы согласны с тем, что первоначальное предложение несправедливо отражало исследования функциональной роли метилирования прокариотической ДНК, открытые задолго до появления SMRT-секвенирования.Мы изменили предложение: «Было показано, что метилирование прокариотической ДНК опосредует различные функции (Hernday et al., 2002; Ringquist and Smith, 1992; Wright et al., 1997), что выходит далеко за рамки его первоначально предполагаемой роли как самозащиты. компонент систем ограничения-модификации (системы RM) ». В соответствии с предложениями рецензента мы цитируем статью Рингквиста и Смита, Дэвида Лоу и Херндея 2002 года о переключателях пилей и статью Райта 1997 года о метилировании CcrM у α-протеобактерий.

    3) Раздел результатов.Пожалуйста, измените «неактивную мутацию» на «мутацию с потерей функции». «Неактивный» может означать, что мутация ничего не делает, в то время как на самом деле все наоборот.

    Мы изменили «неактивный» на «неработающий» здесь и в нескольких других местах рукописи с той же проблемой (раздел «Результаты», раздел «Материалы и методы»).

    4) Раздел результатов. Когда вы упоминаете, что гипометилированные сайты были обнаружены у бактерий, отличных от M. tuberculosis, вы цитируете Blow, 2016 (это нормально) и Minch et al., 2015, что не имеет никакого отношения к теме (метилирование ДНК в статье даже не упоминается!). Опять же, было бы целесообразно быть справедливым по отношению к литературе, цитирующей по крайней мере одно из пионерских исследований, которые обнаружили гипометилирование ДНК в бактериальном геноме. Например, Ringquist and Smith, 1992 и / или Wang and Church, 1992. В качестве альтернативы вы можете процитировать обзор.

    Благодарим рецензента за обнаружение этого ошибочного цитирования. Теперь мы исправили и перепроверили цитаты по всей рукописи.Для обнаружения гипометилированных сайтов у бактерий мы цитируем следующие статьи:

    Hernday et al., 2002.

    Рингквист и Смит, 1992.

    Blow et al., 2016.

    https://doi.org/10.7554/eLife.58542.sa2

    Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

    Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


    Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

    Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно.Ниже приведены наиболее частые причины:

    • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки вашего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
    • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались.
      Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
    • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
    • Дата на вашем компьютере в прошлом.Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г.,
      браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
    • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie.
      Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

    Почему этому сайту требуются файлы cookie?

    Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу.Чтобы предоставить доступ без файлов cookie
    потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


    Что сохраняется в файле cookie?

    Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

    Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.