Веб-калькулятор (html и javascript) для управляемого напряжением транспорта полипептидов в нанопорах

Контакт: David Hoogerheide ..

Идентификатор: DOI: 10.18434/M32176

Версия: 1.0

…

Веб -калькулятор для полипептидного движения. Расчет выполнен в рамках условных времен первого прохождения на основе уравнения переноса Смолуховского. В целом эти расчеты довольно сложны, но этот калькулятор позволяет кусочно построить энергетический ландшафт, отражающий средние силы, действующие на полимер, заключенный в нанопору, на основе его первичной последовательности. Калькулятор написан на HTML и javascript.

. Эти данные общедоступны.

Данные и сопутствующие материалы можно найти по следующим адресам:

  PPdiffuse Github site

Сайт Github для программного обеспечения PPdiffuse

Хугерхайд Д. П., Гурнев П. А., Ростовцева Т. К. и Безруков С. М. (2018). Распознавание успешной транслокации белка в реальном времени на основе нанопор. Биофизический журнал, 114(4), 772–776. doi:10.1016/j.bpj.2017.12.019

Ростовцева Т.К., Гурнев П.А., Хугерхайде Д.П., Ровини А., Сираджуддин М. и Безруков С.М. (2018). Разнообразие последовательностей изотипов тубулина в регуляции митохондриального потенциал-зависимого анионного канала. Журнал биологической химии, 293(28), 10949–10962. дои: 10.1074/jbc.ra117.001569

Хугерхайде Д. П., Гурнев П. А., Ростовцева Т. К. и Безруков С. М. (2017). Механизм транслокации α-синуклеина через нанопору VDAC, выявленный с помощью моделирования энергетического ландшафта распределения времени выхода. Наношкала, 9(1), 183–192. дои: 10.1039/c6nr08145b

Хугерхайде, Д. П., Альберторио, Ф., и Головченко, Дж. А. (2013). Выход ДНК из тонкой нанопоры со слабым смещением: экспериментальное свидетельство универсального диффузионного поведения. Письма о физическом обзоре, 111 (24). doi:10.1103/physrevlett.111.248301

 Лу Б., Хугерхайде Д. П., Чжао К. и Ю Д. (2012). Эффективная движущая сила, приложенная к ДНК внутри твердотельной нанопоры. Физический обзор E, 86 (1). doi:10.1103/physreve.86.011921

Ван Дорп, С., Кейзер, У. Ф., Деккер, Н. Х., Деккер, К., и Лемей, С. Г. (2009). Происхождение электрофоретического воздействия на ДНК в твердотельных нанопорах. Nature Physics, 5(5), 347–351. дои: 10.1038/nphys1230

Версия: 1.0

…

Процитировать этот набор данных

Дэвид Хугерхайде (2020), PPdiffuse: веб-калькулятор (html и javascript) для управляемого напряжением транспорта полипептидов в нанопорах, Национальный институт стандартов и технологий, https://doi.org/10.18434/M32176 ( По состоянию на 19 февраля 2023 г.)

Метаданные репозитория

Машиночитаемые описания этого набора данных доступны в следующих форматах: включая этот. Это может быть связано с тем, что данные обслуживаются через серверы, внешние по отношению к этому хранилищу.

Окончательный урон от игнорирования защиты противника

Окончательный урон от игнорирования защиты противника

Определения

1. Процентное снижение урона — свойство, присущее монстрам, которое уменьшает наносимый урон. В дальнейшем он именуется PDR.
2. Игнорировать оборону противника — характеристика, снижающая процентное снижение урона. В дальнейшем он именуется IED.

Компонент снижения урона в процентах формулы урона
$$1 — \text{PDR} * ( 1- \text{IED} ).$$
Величину $\text{PDR} * ( 1- \text{IED} )$ можно рассматривать как процент уменьшения урона, применяемого к атакам PDR после применения IED. Когда это количество больше или равно 1, вся формула урона игнорируется и наносится только 1 урон.

Формула для расчета СВУ
Пусть $\text{СВУ}_1, \ldots, \text{СВУ}_n$ — отдельные источники СВУ. Тогда общее IED, вносимое каждым из этих источников, определяется выражением
$$
\text{IED} = 1 — (1 — \text{IED}_1) * \cdots * (1 — \text{IED}_n).
$$
Калькулятор, который делает именно это, доступен

здесь.

Комментарии:

1. дебаффы защиты противника, такие как Удар Пустоты, можно рассматривать как СВУ
2. 1 большой источник СВУ более эффективен, чем 2 средних источника (например, 30% против двух 15%-х)

Обоснование этих комментариев можно найти в конце страницы.

Предупреждение:
Экран статистики не является надежным способом расчета IED, так как он округляется до ближайшего целого числа и не отображает некоторые источники IED. Например, бонусы СВУ, которые применяются только к определенным навыкам, не отображаются.

Некоторые значения PDR

• 100%: Хаос фон Бон
• 300%: Веллум Хаоса, Лотос, Дэмиен, Люсид

Пример расчетов IED

Лучник с 80% СВУ поднимает через свой кодекс 30% СВУ. Какое у него сейчас СВУ?

$$\text{IED}= 1 — (1 — 0,8) * (1 — 0,3) = 86\%.$$

Шейд с 93% СВУ получает через свою эмблему линию 40% СВУ. Какое у него сейчас СВУ?

$$\text{IED}= 1 — (1 — 0,93) * (1 — 0,4) = 95,8\%.$$

Ангельский истребитель с 95% СВУ теперь получает 20% СВУ к своим основным навыкам босса после максимизации своих узлов. Каково общее IED, примененное к его основным навыкам босса?

$$\text{IED} = 1 — (1 — 0,95) * (1 — 0,2) = 96\%.$$

Пример окончательного расчета урона

Лучник из предыдущего примера задается вопросом, насколько больше урона он теперь нанесет Хаосу фон Бону. Это дается

$$
\frac{1 — 1 * (1-0,86)}{1 — 1 * (1 — 0,8)} = 1,075
$$

Тень выше тренировалась для соло Chaos Vellum. Его окончательное увеличение урона в этом сеттинге равно

$$
\frac{1 — 3 * (1 — 0,9)58)}{1 — 3 * (1 — 0,93)} \sim 1,106
$$
Окончательное увеличение урона AB в Hard Lucid составляет

$$
\frac{1 — 3 * (1 — 0,96)} {1 — 3 * (1 — 0,95)} \sim 1,035
$$

Обоснование комментария (1)

Существует мнение, что дебаффы, снижающие защиту противника, следует (а) применять непосредственно к монстру, и мнение, что (б) его следует рассматривать как самодельное взрывное устройство.